[发明专利]用于生成和分析耐药基因组概况的系统、装置和方法

权利要求书

1.用于生成耐药基因组概况的系统，所述系统包括：

至少一个通信接口；

至少一个用于存储处理器可执行指令的存储器；和

至少一个处理器，其与所述至少一个通信接口和所述至少一个存储器通信连接，其中在执行所述处理器可执行指令时，所述至少一个处理器：

获得代表来自第一样品的生物的抗生素耐药性的至少一种量度的第一数据；

基于至少所述第一数据鉴定所述生物；

基于至少所述第一数据确定以下中的至少一者：抗生素敏感性表型、抗生素耐药基因身份和所述生物对其不敏感的抗生素；

生成与所述第一样品相关的第一模式，所述第一模式包括：

生物标识码，其指示基于所述第一数据鉴定的生物；和

以下的至少一者：

表型代码，其指示从所述第一数据确定的抗生素敏感性表型；

基因型代码，其指示从所述第一数据确定的抗生素耐药基因身份；和

敏感性代码，其指示从所述第一数据确定的所述生物对其不敏感的抗生素；

比较所述第一模式与至少一种已知模式；

确定所述第一模式与所述至少一种已知模式之间的相似度高于阈值；

生成概况唯一性标识符，其指示所述第一模式与所述至少一种已知模式之间的所述相似度高于所述阈值；并且

基于至少所述第一模式和所述概况唯一性标识符而生成第一耐药基因组概况。

2.权利要求１的系统，其中所述第一模式包括多个基因型代码，每一基因型代码各自指示不同抗生素耐药基因的身份。

3.权利要求１的系统，其中所述概况唯一性标识符包括：

唯一性代码，其是基于所述第一模式与所述至少一种已知模式之间的所述相似度高于所述阈值而确定的；和

重复指数，其指示与所述第一模式的所述相似度高于所述阈值的已知模式的数目增加。

4.权利要求１的系统，其中所述至少一个处理器通过如下方式比较所述第一模式与所述至少一种已知模式：将相似性度量应用至所述第一模式和所述至少一种已知模式以确定所述第一模式和所述至少一种已知模式之间的所述相似度高于所述阈值。

5.权利要求１的系统，其中所述第一样品获自以下中的至少一种：肛门拭子、直肠拭子、皮肤拭子、鼻腔拭子、伤口拭子、粪便、血液、血浆、血清、尿液、痰、呼吸系统灌洗液和脑脊液。

6.权利要求１的系统，其中代表来自所述第一样品的所述生物的抗生素耐药性的所述至少一种量度的所述第一数据包括代表以下中的至少一者的数据：基因类型、基因序列、基因家族、DNA序列、单核苷酸多态性、核酸类型、蛋白类型和蛋白表达。

7.权利要求１的系统，其中所述第一耐药基因组概况还包括与所述第一样品和所述第一样品获自的第一个体中至少一者相关的元数据。

8.权利要求１的系统，其中代表来自所述第一样品的所述生物的抗生素耐药性的所述至少一种量度的所述第一数据包括代表对来自所述第一样品的第一细菌分离株进行的敏感性测试的至少一种量度的数据。

9.权利要求１的系统，其还包括与所述至少一个处理器通信连接的图形显示器，其中在执行所述处理器可执行指令时，所述至少一个处理器还使用图形展示来展示所述第一耐药基因组概况，所述图形展示包括以下中的至少一者：

快速应答（QR）代码；

管状图；和

流行病学星状图。

10.权利要求１的系统，其中代表来自所述第一样品的所述生物的抗生素耐药性的所述至少一种量度的所述第一数据收集自来自所述第一样品的第一细菌分离株的至少一种测量并且指示所述第一细菌分离株的抗生素耐药性和所述第一细菌分离株的抗生素敏感性中的至少一者。

11.权利要求１的系统，其中所述至少一种已知模式来源于与来自第二样品的第二细菌分离株相关的测量数据，所述第二样品得自定殖个体和感染个体中的至少一者，所述定殖患者对至少一种耐药生物测试呈阳性，而所述感染患者具有中线血液感染、通风设备相关的肺炎、尿道感染和手术部位感染中的至少一种，所述测量数据指示所述第一细菌分离株的抗生素耐药性和所述第一细菌分离株的抗生素敏感性中的至少一者。