[发明专利]HBB基因突变和HLA分型检测试剂盒

说明书

本发明提供了一种基于高通量测序技术检测HBB基因突变和HLA分型的方法及相应的试剂盒。其中，所用的引物组合物包括特异性扩增人类胚胎β‑地中海贫血HBB基因上下游1Mb范围内紧密连锁的多态性位点（SNP）的引物和特异性扩增人类白细胞抗原系统HLA‑A基因上游、HLA‑A基因与HLA‑B基因之间、HLA‑B基因与HLA‑DRA基因之间、HLA‑DRA基因与HLA‑DQB1基因之间以及HLA‑DQB1基因下游范围内紧密连锁的多态性位点（SNP）的引物。本发明的方法具有通用性、多位点SNP测序、高通量、成本低、高灵敏度、特异性强的优点。

技术领域

本发明涉及基因组突变检测领域，特别涉及HBB基因突变和白细胞抗原系统分型的检测。

背景技术

β-地中海贫血是在全世界范围最常见的单基因疾病，它是由于β珠蛋白基因突变导致β链的合成受到部分或完全抑制而引起的溶血性疾病。根据β珠蛋白基因表达的受抑制程度，β-地中海贫血分为两种类型：β珠蛋白链完全不能合成者称为β0地中海贫血，β-珠蛋白链尚能合成但合成量减少者称为β+地中海贫血。β-地中海贫血以小细胞低色素性溶血型贫血肝脾肿大(脾大明显)、骨髓扩增发育迟缓合并感染、骨骼改变等为主要临床症状。β-地中海贫血在南方地区最为高发，广东、广西β-地中海贫血携带率分别为2.54％和6.78％(Chen W,Zhang X,Shang X,et al.The molecular basis of beta-thalassemiaintermedia in southern China:genotypic heterogeneity and phenotypicdiversity.BMC Med Genet.2010Feb 25；11:31)。迄今为止，世界范围已发现800多种β地中海贫血的基因突变类型(http://globin.cse.psu.edu/cgi-bin/hbvar/query_vars3)。

目前国内外对β-地中海贫血的治疗分为产前诊断、规范性长期输血和去铁治疗、HLA相合的造血干细胞移植和脾切除术等(刘越,米佳,黄耀江.人类白细胞抗原基因研究进展[J].生物学教学.2007(11))。输血治疗存在铁负荷导致的并发症，骨髓移植则一直无法摆脱免疫排斥和移植抗宿主病的并发症，而造血干细胞具有重建个体造血系统的全能性和自我更新的能力，理论上将正常的β－珠蛋白基因导入造血干细胞并输回体内，使之获得适宜表达，患者将获得终生治疗。随着临床的需要、分子细胞生物学及分子生物学技术的快速发展，PGD已经从避免基因病遗传扩展到以移植造血干细胞为目的对植入前胚胎进行人类白细胞抗原(human leucocyte antigen，HLA)分型的非疾病性检测(Verlinsky Y,Rechitsky S,Sharapova T,et al.Preimplantation HLA testing.JAMA 2004May；291(17):2079-85)。在器官移植和造血干细胞移植中，当同种异基因骨髓移植时，HLA不同时可引起免疫排斥反应。由于HLA具有高度多态性，供受者HLA的差异决定了同种异体器官移植后几乎不可避免地发生免疫排斥反应。配型匹配点越多，移植术后的效果就越理想，受者存活时间就越长。如果匹配的点少，移植后发生急、慢性宿主抗移植物反应(host versusgraft reaction，HVGR)和移植物抗宿主病(GVHD)的机率明显增加，存活时间短，因此在器官移植、造血于细胞移植中HLA配型的意义重大。正是因为寻找HLA基因型一致的供者极其困难，近年国外有报道β-地中海贫血这种严重致残、致死而又无法根治的疾病在有需要进行造血干细胞移植患儿的家庭中，对植入前胚胎进行HLA配型联合或不联合基因遗传病的PGD检测，选择与患儿HLA基因型一致且正常的纯合子(不携带致病基因)或者杂合子(携带隐性致病基因)胚胎移植，创造一个救助者同胞(Saviour Child，SC)，分娩时使用SC的脐血或者骨髓用于治疗现存患儿，为治疗此类患者提供一种新的、效果可能更理想的途径(Tur-Kaspa I,Jeelani R.Clinical guidelines for IVF with PGD for HLAmatching.Reprod Biomed Online2015Feb；30(2):115-9)。