[发明专利]一种RNA编辑位点的特征分析方法

说明书

本发明提供了一种RNA编辑位点的特征分析方法，包括步骤：对待分析样品进行测序，获得DNA和RNA数据；分析获得的数据，得到RNA编辑位点数据集；统计获得所述RNA编辑位点数据集中RNA编辑位点上下游序列的RNA二级结构自由能分布曲线。该方法能够方便、快速地对RNA编辑位点数据的基本特征进行分析。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体地说，本发明涉及一种RNA编辑位点的特征分析方法。

背景技术

RNA编辑是指DNA转录之后、翻译之前在RNA水平上发生的碱基的缺失、插入或置换。在高等生物中，最主要的RNA编辑是碱基A到I(次黄嘌呤核苷)的修饰，这种修饰，通常是被ADAR蛋白酶催化产生的。由于在翻译水平上，次黄嘌呤核苷酸(I)被识别为鸟核苷酸(G)，因此在该位点的这种编辑，实际上是A到G的转换。这种改变可能导致相关蛋白质结构功能的改变，也可能改变生物体内起调控作用的RNA的结构功能的改变。根据相关文献报道表明，RNA编辑现象与癌症的发生有密切联系，因而成为了当前癌症方面研究的一个新的研究思路及研究热点。

由于实验技术需求较多的资源的投入，当前的RNA编辑方面的研究着重于以信息学的方式进行RNA编辑位点的鉴定的发掘，并在此基础上进行了RNA编辑位点的特征统计(基因组上分布，序列模体等)及后续的一些分析工作。当前癌症方面RNA编辑的分析工作主要集中在分析基因编码区，特别是外显子区的非同义突变的研究。这主要是因为这种方式的编辑可以比较直观的反映到对基因表达产物的影响。但从现有文献中已经鉴定出的RNA编辑位点分布情况来看，这种发生在基因编码区的RNA编辑，只占总体RNA编辑位点中极少比例的一部分，更多的RNA编辑位点发生在基因的内含子区及被称为Alu的SINE(ShortInterspersed Nuclear Element)区域。

上述情况表明，RNA编辑的真正调控作用应该以以上两种区域的作用及特点密不可分。这将是之后对RNA编辑方面研究的重点思路之一。与其他的DNA变异不同(如snp,indel鉴定等)，RNA编辑的生物学鉴定及分析尚处于起步阶段，因此，缺乏统一的分析思路及相关的软硬件支持，这导致大量的精力被投入到了重复性的工作中。

因此，对RNA编辑方面的分析，迫切需要一些较为完善的技术方案对RNA编辑位点数据进行基本特征分析，使得为RNA编辑方面的研究更为方便、快速、准确。

发明内容

本发明的目的在于提供一种RNA编辑位点的特征分析方法。

本发明的第一方面，提供了一种RNA编辑位点的特征分析方法，包括步骤：

(1)对待分析样本进行测序，获得DNA和RNA数据；

(2)分析步骤(1)中获得的数据，得到RNA编辑位点数据集；

(3)统计获得所述RNA编辑位点数据集中RNA编辑位点上下游序列的RNA二级结构自由能分布曲线A；优选地，所述“上下游序列”的长度为50bp－200bp；更优选地为100bp。

在另一优选例中，所述RNA二级结构自由能分布曲线的中位数位于-55～-70；优选地位于-60～-65。

在另一优选例中，所述方法还包括步骤：

(4)统计获得对照RNA编辑位点数据库中的RNA编辑位点上下游序列的RNA二级结构自由能分布曲线B，并将曲线A和曲线B进行比对。如果曲线A和曲线B大致重合，说明步骤(2)中所获得的RNA编辑位点数据集较为可靠。

在另一优选例中，所述方法还包括步骤：

(a)统计RNA编辑位点数据集中单编辑位点的编辑频率，选取差异显著的位点进行FDR矫正，获得具显著差异的位点作为后续分析的候选位点；