[发明专利]一种RNA编辑位点的特征分析方法有效
| 申请号： | 201410525810.9 | 申请日： | 2014-09-30 |
| 公开（公告）号： | CN105528532B | 公开（公告）日： | 2019-08-16 |
| 发明（设计）人： | 李欣玥;刘栋兵;熊恒 | 申请（专利权）人： | 深圳华大基因科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B25/00 | 分类号： | G16B25/00;G16B50/00 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 518083 广东省深圳市盐田*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 rna 编辑 特征 分析 方法 | ||
1.一种RNA编辑位点的特征分析方法，其特征在于，包括步骤：
(1)对待分析样本进行测序，获得DNA和RNA数据；
(2)分析步骤(1)中获得的数据，得到RNA编辑位点数据集；
(3)统计获得所述RNA编辑位点数据集中RNA编辑位点上下游序列的RNA二级结构自由能分布曲线A；
(4)统计获得对照RNA编辑位点数据库中的RNA编辑位点上下游序列的RNA二级结构自由能分布曲线B，并将曲线A和曲线B进行比对，如果曲线A和曲线B大致重合，说明步骤(2)中所获得的RNA编辑位点数据集较为可靠；
所述RNA二级结构自由能分布曲线的中位数位于-55～-70kcal/mol。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述“上下游序列”的长度为50bp－200bp。
3.如权利要求2所述的方法，其特征在于，所述“上下游序列”的长度为100bp。
4.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述RNA二级结构自由能分布曲线的中位数位于-60～-65kcal/mol。
5.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括步骤：
(a)统计RNA编辑位点数据集中单编辑位点的编辑频率，选取差异显著的位点进行FDR矫正，获得具有显著差异的位点作为后续分析的候选位点；
(b)对RNA编辑位点数据集进行两类样本单个基因编辑位点统计，并以该统计获取两类样本之间编辑位点数差异在0.5倍以上的基因及两类样本各自独有的发生编辑的基因，供后续进行目的基因的筛选；
在所述步骤(a)中，对RNA编辑位点进行两类样本单编辑位点编辑频率的统计，并以该频率进行成对t检验，获取每个位点的差异显著性P值，选取差异显著的位点进行FDR过滤,获得在两类样本中具有显著差异的位点，作为后续分析的候选位点；
其中所述差异显著的位点是指P<0.05的位点，并且进行FDR过滤时设置P<0.05。
6.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法还包括步骤：
统计所有样本检出的编辑位点上下游各10bp位置的各碱基出现频率。
7.如权利要求5所述的方法，其特征在于，所述步骤(b)中所述两类样本为肿瘤样本和对应正常样本。
8.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(3)中使用的统计工具为RNAfold软件。
9.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(1)中待分析样本为群体样本，所述群体样本中样本数量≥50个，合并测得的DNA和RNA数据进行步骤(2)。
10.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(1)中待分析样本包括正常组织和/或肿瘤组织。
11.如权利要求5所述的方法，其特征在于，所述两类样本是癌症样本和对应正常样本。
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