[发明专利]水稻抗瘟基因Pita3基因特异性分子标记Pita3N5s及其制备方法和应用

权利要求书

1.一种水稻抗瘟基因Pita3基因特异性分子标记Pita3N5s,其特征在于，所述基因特异性分子标记Pita3N5s是以携带水稻抗瘟基因Pita3的抗性品种的总DNA为模板，利用引物对F1、R1进行扩增后，将扩增产物经限制性内切酶Hae III酶切后获得的与水稻抗瘟基因Pita3呈特异性带型的核苷酸片段；所述引物对F1、R1核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2所示。

2.如权利要求1所述的水稻抗瘟基因Pita3基因特异性分子标记Pita3N5s，其特征在于，所述携带水稻抗瘟基因Pita3的抗性品种为抗源品种黄华占。

3.如权利要求2所述的水稻抗瘟基因Pita3基因特异性分子标记Pita3N5s，其特征在于，所述扩增产物核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。

4.如权利要求3所述的水稻抗瘟基因Pita3基因特异性分子标记Pita3N5s，其特征在于，所述水稻抗瘟基因Pita3基因特异性分子标记Pita3N5s的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。

5.权利要求1所述的水稻抗瘟基因Pita3基因特异性分子标记Pita3N5s的制备方法，其特征在于，包括步骤：

1)利用多序列比对软件工具，对Pita3基因及其等位基因进行核苷酸比对，筛查Pita3中特异的、能区别于其感病等位基因以及该位点其他稻瘟病等位抗性基因的特异性单碱基差异位点；

2)利用步骤1)获得的SNP信息，在SNP上游100-200bp处设计基因特异性上游引物F1，在该SNP下游100-200bp处设计带有错配碱基的基因特异性下游引物R1，所述引物对F1、R1核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2所示；

3)利用步骤2)中引物对F1、R1，以携带水稻抗瘟基因Pita3的抗性品种的总DNA为模板，进行PCR扩增，将扩增产物经限制性内切酶Hae III酶切后获得的与水稻抗瘟基因Pita3呈特异性带型的核苷酸片段，即为所述水稻抗瘟基因Pita3基因特异性分子标记Pita3N5s。

6.如权利要求5所述的制备方法，其特征在于，还包括步骤4)，利用步骤2)所述的引物对，对不同水稻品种的总DNA进行PCR扩增，获得Pita3基因簇抗源品种对应于Pita3特异SNP位点的片段，与步骤2)获得的DNA片段进行比较，从而确定Pita3基因特异性的分子标记Pita3N5s。

7.权利要求1-6任一项所述的水稻抗瘟基因Pita3基因特异性分子标记Pita3N5s在检测水稻抗瘟基因Pita3及其等位基因的应用。

8.权利要求1-6任一项所述的水稻抗瘟基因Pita3基因特异性分子标记Pita3N5s在检测普栽水稻品种中水稻抗瘟基因的应用。