[发明专利]SNP标记及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及SNP标记及其应用。具体地，本发明涉及斜带石斑鱼全长性状相关的SNP标记，用于检测前述SNP标记的引物对和试剂盒，前述SNP标记、引物对、试剂盒在斜带石斑鱼选育中的用途，以及检测斜带石斑鱼全长性状的方法。

背景技术

石斑鱼是名贵的海水经济鱼类。近十多年来，石斑鱼人工繁育技术已相对成熟，石斑鱼的养殖规模也逐渐扩大，石斑鱼产业的迅速发展，对于促进渔民增收，满足国民水产品需求，优化水产养殖业结构有重要意义。但是，种质退化，优良品种缺乏是石斑鱼产业可持续健康发展的主要瓶颈。因此，培育石斑鱼优良新品种已成为我国石斑鱼产业发展的关键。

传统的鱼类选育方法完全依赖于表型，存在周期长和效率低等无法逾越的障碍。分子育种，即分子标记辅助选择育种，是指利用DNA分子标记对育种材料进行选择，综合改良选育物种的重要经济性状，是传统遗传育种与现代分子生物学有机结合的育种方法。分子育种为鱼类育种开辟了一条新的途径，随着现代生物技术的发展，分子标记在鱼类育种中的作用将日益突出。在石斑鱼的育种中，人们希望通过对于生长性状密切相关，并且与数量性状紧密连锁的DNA标记的选择，以实现早期选种和提高育种准确性的目标，从而取得更大的遗传进展。

然而，现阶段能够有效用于石斑鱼育种的生长性状相关的分子标记仍有待挖掘。

发明内容

本发明旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本发明的一个目的在于提出一种与石斑鱼生长性状相关，能够有效用于石斑鱼选育的SNP标记。

其中，需要说明的是，SNP（single nucleotide polymorphism，SNP，即单核苷酸多态性）是1996年由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心学者Lander提出的一类分子遗传标记，主要是指基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP表现出的多态性仅涉及到单个碱基的变异，表现是有转换、颠换、插入和缺失等。

根据本发明的一个方面，本发明提供了一种斜带石斑鱼全长性状相关的SNP标记。根据本发明的实施例，该SNP标记为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列自5’端起第251位碱基T或C。根据本发明的实施例，SEQ ID NO：1所示核苷酸序列如下：AGGTCCTTCACAAAGCCGTCACCGTCCACTGACACCACATACGTCACTGGAGCTGTTGCATTCTTGGAGCAGAGATGAGGCATCCCAACACCGTGCTCCACATCTACGCAAACCCAGGATGAAGTTTTCTCCAAATACACCTCCAACCACTCGTCCGCCCCAGGCCCCTCCTTCTTTTTCCCACCCCGCTTTGTTGTGTTACTTGTTGTTACTTCTTCCTCATCATCTTCCTCTTGCTCTTCGCCCTCCTYGTCTTTCAACTGTTTCTTCCCTCCACTGCTCCTCCTCTTCGAAGCTGCAGTGTTCTTGCTCGTCCCTTTCCCCTTCTTCCCCTTTGTGGATTTAGCCCCTCCCTCTGAATCCTCACTGTCCTCGTCGCTTGTTGCCTGAAACTCCTCATCACTAAGCCCCTCCTCCTCCTGTTCCCCTTCGCTGTTACTTTCTTCCTTGTAGCTGACTTTTGAGGCGATGCTGCGACG(SEQ ID NO：1)。

发明人发现，该SNP标记的位点处基因型为纯合TT的斜带石斑鱼的全长显著高于此处基因型为纯合CC或杂合TC的斜带石斑鱼。进而，根据本发明的实施例，通过检测斜带石斑鱼的上述SNP，能够有效地确定其全长性状，具体地，如前所述，该SNP位点为纯合TT的斜带石斑鱼的全长显著高于此处基因型为纯合CC或杂合TC的斜带石斑鱼，例如该SNP位点的基因型为TT时，则能够确定待测斜带石斑鱼的属于生长速度快的个体。由此，发明人确定，本发明的SNP标记与斜带石斑鱼的全长性状紧密相关，能够有效用于斜带石斑鱼的分子标记辅助育种。进而能够根据实际育种需求选择生长速度对斜带石斑鱼育种材料进行早期选择，进一步能够有效提高育种的效率和准确性，提高斜带石斑鱼繁殖群体的遗传水平，从而能够准确、高效地选育出斜带石斑鱼优良品种。此外，根据本发明的一些实施例，利用本发明的SNP标记进行斜带石斑鱼分子标记辅助育种，具有早期筛选、节省时间、成本低廉、准确性高的优点。