[发明专利]一种基因组代谢网络初模型信息挖掘方法

权利要求书

1.一种基因组代谢网络初模型信息挖掘方法，其特征是它包括以下步骤：，对于KEGG网站，基于网页关键内容先验位置信息，采用网站脚本语义分析技术，提取基因-蛋白-反应之间的对应关系即确定GPR关系，建立excel表格呈现GPR关系信息，得到基因组代谢网络初模型。

2.根据权利要求1所述的基因组代谢网络初模型信息挖掘方法，其特征是该方法具体包括：

（1）、向KEGG网站的自动注释服务器KAAS提交物种基因组蛋白序列，KAAS自动注释服务器返回该蛋白序列的KO号和R号；

（2）、依据R号从KEGG网站的REACTION和GENES子数据库中获得该物种基因组蛋白序列对应的反应信息，并且存储于excel中构成基因组代谢网络初模型。

（3）、依据KO号从KEGG Genomenet数据库中获得目标生物对应基因与蛋白信息，存于excel列表中。

3.根据权利要求2所述的基因组代谢网络初模型信息挖掘方法，其特征是步骤2中，所述的反应信息包括：Name催化该反应的蛋白名称、Definition反应式、Equation代谢物ID格式反应式、Enzyme催化该反应的蛋白对应的酶号、Pathway该反应所属代谢途径和Orthology催化该反应的蛋白在KEGG中的相似注释；步骤3中，所述的基因与蛋白信息包括：基因和编码的蛋白名称缩写。

4.根据权利要求2所述的基因组代谢网络初模型信息挖掘方法，其特征是步骤1具体包括：通过物种蛋白序列获得KO号及R号：将物种所有蛋白序列上传到KAAS自动服务器，依据返回的KO号从KEGG Brite数据库编程查找对应的R号，即反应ID，提取过程具体包括：

（1-A）:提交蛋白序列至KAAS服务器；

（1-B）:服务器返回含有所需蛋白序列的KO值的excel表KO.xls和含有所有KEGG内KO值和R值信息的excel表KO-R.xls；

（1-C）:设line=1，新建KOR.xls表，记录KO值、R值及其对应关系；

（1-D）:读取KO.xls的第line行，取其中KO单元格中的值与KO-R.xls表每一行数据中KO单元格中的值比较，判断KO.xls中KO值与KO-R.xls中的KO值是否相等，如果不相等，转入步骤E；如果相等，将KO-R.xls中该KO所对应的R值提取出来，R值是空字符、一个或多个值；

当R值是空字符时，不做任何处理，进入下一步骤；

当R值是一个时，直接提取，写在与KO值对应的一行；

当R值是多个时，需用空格符对获取的R值序列进行分割，将单个R值分别写入到excel表KOR.xls新的与KO值对应的各行中；

（1-E）:line增1，如果line小于等于KO.xls表行数，回到步骤D，否则，结束。

5.根据权利要求2所述的基因组代谢网络初模型信息挖掘方法，其特征是步骤2是依据R号获得反应信息：KEGG提供反应式查询网页，统一资源定位符URL格式：http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?+R号，网页的超文本标记语言html的脚本含有反应信息，采用网站脚本语义分析技术即html分析方法获取每个节点数据，提取出反应信息。