[发明专利]一种检测猪肉质性状相关的分子标记及应用

说明书

技术领域

本发明属于家畜分子生物学技术领域，涉及一种包含如SEQ ID NO：1所示猪基因核苷酸的核酸分子。本发明还涉及如SEQ ID NO：1所示的多核苷酸序列中的单核苷酸多态性位点以及检测所述单核苷酸多态性位点的方法。

背景技术

猪肉是我国城乡居民动物性蛋白的主要来源，随着人们对肉品需要量的增加，对肉质质量的要求也相对提高。而这主要是由基因控制，并存在主基因效应。分子生物技术的发展，使人们可以在DNA水平寻找控制肉质性状的主基因或与其紧密连锁的分子标记，在育种过程中应用于标记辅助选择，以提高选择进程，更好地改善猪肉质性状，满足人们的需要，以获得更大的经济效益。

生长抑制特异因子6基因（Growth Arrest-specific gene6，GAS6）最先是从小鼠肌肉中克隆的基因，GAS6蛋白是Axl（Anexeleto）、Met（Methionine）及Sky(Tyro3)等几个受体酪氨酸激酶亚家族（TAM）成员的配体，其分子结构包括与磷脂和膜蛋白结合的氨基末端和与受体酪氨酸激酶亚家族成员（Axl、Met及Sky）结合的羧基末端，N端是Gla（gamma-carboxyg lutamic acid）区，含有11-12个γ-羧基谷氨酸基，中间部分是4个表皮生长因子样(endoth-elial growth factor，EGF)重复区，C端是性激素连接球蛋白样区(sex hormone-binding glubin，SHBG)，是与Axl受体结合的区域。Gla区在Ca²⁺参与下，与带负电荷的磷脂结合，参与细胞的粘附和识别；EGF区与膜分子的结合有关；SHBG区引起Axl，Mer的磷酸化，参与信号途径，与细胞的存活、增殖、生长调节有关。Gla区和EGF区都不单独起作用，但两者可能直接或间接促进SHBG区与受体的结合，并在体内调节GAS6蛋白的活性。

GAS6蛋白含有678个氨基酸，并发现其氨基酸序列与人抗凝血S蛋白的同源性为46%且有共同的分子结构（S蛋白是一种血液共调节途径VK依赖的负调控因子），与小鼠的同源性为81%。GAS6蛋白和S蛋白在γ-羧化谷氨酸富集域和4个EGF-like域相似程度最大。

但是，目前国内外关于猪GAS6基因的相关研究很少。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是：针对上述现有技术的不足，提供一种猪肉质性状相关基因GAS6及其在猪标记辅助选择中的应用，为猪标记辅助选择提供新的分子标记。

为了解决上述问题，本发明所采用的技术方案是：一种猪肉质性状相关基因GAS6在猪分子标记辅助选择中的应用，该猪肉质性状相关基因GAS6基因的DNA序列如SEQ ID NO：1所示的第333bp处有一个A/G的碱基突变，导致PCR-RFLP-Bgl I多态性。

上述GAS6基因的多态性是利用比较基因组学方法根据人的GAS6基因的保守区设计引物，以猪的基因组DNA为模板扩增，扩增片段利用SSCP技术和测序技术发现SNP，并利用PCR－RFLP进行基因分型，再利用SAS软件GLM（通用线性模型）分析SNP与肉质性状的关联。

申请人通过克隆得到一种与猪肉质性状相关的基因片段，它的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1所述。序列表SEQ ID NO：1的333bp处有1个A/G的碱基突变，导致PCR-RFLP-Bgl I多态性。

制备了检测上述序列表SEQ ID NO：1基因片段突变的引物对，所述引物对，

正向引物为5′-GAGTGCCAAGGAGCAGAAAT-3′。

反向引物为5′-CCCGCTAAGGTGTGTTTGTT-3′。

利用上述制备的与猪肉质性状相关的分子标记对外来猪种和中国地方品种进行了关联分析的应用，从而完成了本发明。

SNP发现与检测方法建立：申请人设计了扩增包含该SNP引物，经分析A/G位点的突变可以采用Bgl I进行酶切检测多态性。在扩增的516bp的片断上，存在1个Bgl I的酶切位点，2%琼脂糖凝胶电泳检测结果显示在GAS6基因的A/G位点存在3种基因型，AA型（516bp）、AG型（183bp、333bp、516bp）和GG基因型（183bp、333bp）。