[发明专利]与黄瓜果实β胡萝卜素含量相关的SNP标记及其应用

说明书

技术领域

本发明属于基因工程及分子生物学领域，具体地说，涉及一种与黄瓜果实β胡萝卜素含量及果肉颜色性状相关的SNP标记及其应用。

背景技术

β胡萝卜素是类胡萝卜素家族中的典型代表，是人体健康不可缺少的营养素之一。在绝大部分黄瓜品种中，果实中的β胡萝卜素含量非常低，但在适应西双版纳地区种植的黄瓜品种中，果实β胡萝卜素的含量非常高，果肉颜色呈橙黄色。果实颜色与β胡萝卜素的含量呈正相关，β胡萝卜素含量高，则果肉颜色深。为了提高黄瓜果实的营养价值，育种家们一直在努力尝试将西双版纳黄瓜品种高β胡萝卜素含量这一特性转入其它黄瓜品种中。传统的遗传研究发现果实颜色是由一个隐形ore基因控制的（Cuevas等）。在黄瓜全基因组和高分辨率SSR遗传图谱陆续公布之后，研究人员将ore基因定位在3号染色体的SSR20710-SSR11633之间（Bo等）。然而由于尚未找到控制果肉颜色的ore基因，因此有关β胡萝卜素如何在西双版纳黄瓜果实中大量积累等分子机制还不清楚，导致相关的分子育种工作进展缓慢。

发明内容

本发明的目的是提供一种与黄瓜果实β胡萝卜素含量及果肉颜色性状相关的SNP标记及其应用。

为了实现本发明目的，本发明首先提供一种黄瓜Csa3G183920蛋白，其氨基酸序列如SEQ ID No.1所示，或该序列经替换、缺失或添加一个或几个氨基酸形成的具有同等功能的氨基酸序列。

本发明还提供编码所述Csa3G183920蛋白的基因，其核苷酸序列如SEQ ID No.2所示。

本发明还提供含有编码所述Csa3G183920蛋白的基因的载体。

本发明还提供含有编码所述Csa3G183920蛋白的基因的转基因细胞系。

本发明还提供含有编码所述Csa3G183920蛋白的基因的工程菌。

本发明还提供含有编码所述Csa3G183920蛋白的基因的转化植物细胞。

本发明还提供编码所述Csa3G183920蛋白的基因在下调黄瓜果实β胡萝卜素含量中的应用。

本发明还提供编码所述Csa3G183920蛋白的基因在调控黄瓜果肉颜色性状中的应用。

进一步地，本发明提供一种与黄瓜果实β胡萝卜素含量相关的SNP标记，其位于黄瓜Csa3G183920基因序列第770bp处，此处碱基为A的黄瓜果实β胡萝卜素含量高，果肉颜色呈橙黄色；此处碱基为C的黄瓜β胡萝卜素含量低，果肉颜色为白色；所述黄瓜Csa3G183920基因序列如SEQ ID No.2所示。

本发明还提供用于检测上述述与黄瓜果实β胡萝卜素含量相关的SNP标记的引物对，包括正向引物F5’-GGCTTGTTCCTGGACTCTGCTTTGG-3’和反向引物R5’-AAGAAAAGTTTACCTGGTGAGCAGC-3’。

本发明还提供上述与黄瓜果实β胡萝卜素含量相关的SNP标记在鉴定黄瓜品种中的应用，其包括步骤：1）提取待测黄瓜的基因组DNA；2）以待测黄瓜的基因组DNA为模板，利用上述引物F和R，进行PCR扩增反应；3）检测PCR扩增产物，如果扩增产物序列第338bp处碱基为A，则待测黄瓜属于富含β胡萝卜素的黄瓜品种，如果扩增产物序列第338bp处碱基为C（SEQ ID No.3），则待测黄瓜属于果实中β胡萝卜素含量低的黄瓜品种。

本发明还提供含有上述引物F和R的用于检测黄瓜品种的试剂盒。优选所述试剂盒还包括dNTPs、Taq DNA聚合酶、Mg²⁺、PCR反应缓冲液等中的至少一种。更优选所述试剂盒还包括标准阳性模板。

本发明提供了一种与黄瓜果实β胡萝卜素含量及果肉颜色性状相关的SNP标记及其应用，即根据基因型进行富含β胡萝卜素黄瓜品种的选育，从而加快黄瓜育种进程。