[发明专利]用于癌症的分子诊断试验

说明书

相关申请的交叉引用

本发明要求于2011年6月2日提交的美国临时专利申请61/492,488的优先权益，所述申请以引用的方式并入本文。

发明领域

本发明涉及一种适用于诊断不同解剖部位的癌症的分子诊断试验，所述分子诊断试验包括与血管生成有关的常见亚型的使用。本发明包括从基因表达水平获得基因分类模型。一个应用是对癌症治疗药物种类的反应的分层和针对癌症治疗药物种类选择患者，并且因此指导患者治疗选择。另一个应用是将癌症患者分层为对于抗血管生成治疗剂有反应的那些和对于抗血管生成治疗剂没有反应的那些。本发明提供一种试验，所述试验可以指导疗法选择以及在新型治疗剂的临床试验评估过程中选择用于富集策略的患者群。本发明可以用作包括卵巢癌、乳癌以及成胶质细胞瘤在内的某些癌症的预后指标。所述血管生成亚型可以由新鲜/冷冻(FF)的患者样品或经过福尔马林固定石蜡包埋的FFPE的患者样品来鉴别。

背景

制药行业一直在寻求比当前施用的药物更有效的、更具特异性或具有更少不良副作用的新型药物治疗选择。由于人类群体内的遗传变异性使许多已认可的药物的有效性产生了显著差异，故正在不断地开发药物疗法替代品。因此，虽然当前有多种多样的药物疗法选择可供使用，但是在患者无法起反应的情况下仍总是需要更多疗法。

传统上，医师所使用的治疗模式一直是开出在治疗疾病方面可能得到最高成功率的一线药物疗法。如果一线疗法无效，则开出替代性药物疗法。对于某些疾病来说，这种模式明显不是最佳的治疗方法。例如，在如癌症等疾病中，第一次治疗经常是最重要的并且为成功治疗提供了最佳机会，因此对于选择将针对特定患者的疾病最有效的初始药物的需求变高。

在西方国家中，卵巢癌是所有妇科癌症之中引起死亡的主导原因。这种高死亡率是由大多数患者在晚期进行诊断所致。上皮性卵巢癌(EOC)占卵巢恶性肿瘤的90%并且被分为不同的组织学类别，包括浆液性、粘液性、子宫内膜样、透明细胞、过渡型、混合型、以及未分化的亚型。越来越多的证据表明这些不同的组织学起因于不同的病因学。近期在用于分类上皮性卵巢癌的方法学方面已经取得进展(McCluggage,W.G.“Morphological subtypes of ovarian carcinoma:a review with emphasis on new developments and pathogenesis,”PATHOLOGY,2011年8月;43(5):420-32)。其后果之一是以前被分类为子宫内膜样的许多肿瘤现在被分类为浆液性的。

卵巢癌的当前标准治疗是减瘤手术(debulking surgery)和基于铂紫杉烷的标准细胞毒性化学疗法。然而，不是所有患者都对其有反应，并且在对其有反应的那些中，大约70%将会经历复发。基于组织学或分子分类的卵巢癌特异性靶向疗法尚未进入市场。类似地，对于其它类型的癌症，仍然没有选择适当细胞毒性化学治疗剂的准确方式。

微阵列和分子基因组学的出现有可能对疾病的诊断能力和预后分类产生显著影响，它们可以帮助预测单个患者对确定的治疗方案的反应。微阵列提供了对大量遗传信息的分析，从而提供个体的遗传指纹。更值得关注的是，这一技术最终将为定制药物治疗方案提供必要工具。

当前，健康护理专业人员具有很少的途径来帮助他们鉴别将受益 于化学治疗剂的癌症患者。最佳一线药物的鉴别一直很难，因为没有可用的方法来准确地预测哪种药物治疗对于特定癌症的生理学将是最有效的。这一不足导致相对较差的单一药剂反应率以及增加的癌症发病率和死亡。此外，患者经常不必要地经受无效、有毒的药物疗法。