[发明专利]用于扩增土壤线虫CO I基因的简并引物组合及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及巢式PCR技术，具体地说，涉及一种用于扩增土壤线虫CO I基因的简并引物组合及其应用。 

背景技术

几乎在所有类型的生态系统中，从海洋到淡水、土壤，从热带到极地地区，从海拔最高到海拔最低的区域都有线虫的存在。线虫可以分为自由生活和寄生生活两大类，自由生活线虫的取食范围包括细菌、真菌、藻类、原生动物以及腐殖质等，而寄生性线虫则在动物和植物中均有发现。土壤线虫是土壤食物链的一个关键环节，在三条土壤的基本能量通路（植物组织、细菌和真菌）中，致病性线虫参与了植物组织通路，食细菌和食真菌的线虫参与了细菌和真菌通路，而杂食性的线虫则涵盖了所有通路，这使得线虫越来越多的被应用于土壤生态系统的指示生物(Yeates.,G.W.，Bongers,T.,de Goede,R.G.M.,Freckman,D.W.and Georgieva,S.S.1993.Feeding habits in soil nematode families and genera-an outline for soil ecologists.Journal of Nematology，25:315–31)。与其他的土壤动物相比，线虫作为指示生物的优势在于：1)数量大并且种类丰富，原生动物的数量也很丰富，但是缺乏形态学特征难以分类鉴定，并且单细胞结构太过简单；2)生境广泛，在很多极端环境都有线虫的存在；3)容易培养且研究的方法多样(André,H.M.,Ducarme,X.and Lebrun,P.2002.Soil biodiversity:myth,reality or conning?Oikos,96(1):3-24)。 

线虫在自然界中数量众多且种类丰富，仅生活在海洋中的线虫种类可能就超过100万种，而其中只有大概1000种得到了鉴定和描述。这是因为从形态学上对线虫进行分类鉴定存在非常大的困难：线虫个 体小且缺乏鉴定的特征，在依赖传统光学显微镜的情况下也难以对鉴定特征进行量化(De Ley，P.,De Ley，I.T.,Morris,K.et al.2005.An integrated approach to fast and informative morphological vouchering of nematodes for applications in molecular barcoding.Philosophical Transactions of the Royal Society B:Biological Sciences,360(1462):1945-1958)。为了解决这个问题，越来越多的研究者开始选择利用保守的分子序列来构建分子系统发育树（molecular phylogenetic tree）来确立分子操作分类单元（molecular operational taxonomic units,MOTU）。用于分析的基因序列就称为“DNA条码（DNA barcode）”，而MOTU就对应着传统分类学上“种”这个概念(Blaxter,M.L.2004.The promise of a DNA taxonomy.Philosophical Transactions of the Royal Society of London.SeriesB:Biological Sciences,359(1444):669-679)。应用MOTU系统可以快速有效地对大多数物种进行鉴定，因此有很多线虫分类学家开始使用DNA条码的方法对线虫进行鉴定分类以及演化过程的研究。