[发明专利]WIF1基因作为猪产仔数性状的遗传标记

说明书

技术领域

本发明涉及猪遗传标记制备技术领域，具体涉及一种WIF1基因作为猪产仔数性状的分子标记及应用，它包括猪WIF1基因突变位点的检测方法与应用。

背景技术

母猪的繁殖性状是猪重要经济性状之一，但由于其遗传力低且为限性性状特点，导致了母猪繁殖性状常规选择进展缓慢。随着分子生物学技术的兴起和迅速发展，发展了常规育种与标记辅助选择（MAS）相结合的方法，可以有效地加快猪产仔数性状的选择进展。目前，分子标记鉴别的方法主要有基因组扫描法和候选基因法。而差异表达基因如果满足以下标准可以作为候选基因进行研究：染色体定位区域包含可分离的QTL；研究对象调控特定数量性状的重要性以及在特定的数量性状中是否存在差异表达。

在前期工作基础中，检测到WNT通路中关键基因WIF1在大白猪和中国太湖猪排卵前卵泡中差异表达。WIF1最初是被作为表达序列标签形式而在人的视网膜上发现的（Hsieh et al..A new secreted protein thatbinds to Wnt proteins and inhibits their activities.Nature,1999,398(6726):431-436），这个基因定位在12q14.3上，编码379个氨基酸，分子量约为42KDa，其中包含了一个N-末端信号序列、大约140个氨基酸的WIF结构域，五个表皮生长因子样重复区域以及一个亲水性的C-末端，可能与中胚层的分节运动有关。在非洲蟾蜍、老鼠以及斑马鱼上都分离得到高度保守的同源序列。在WIF1各个区域的功能研究中，普遍认为WIF结构域是最主要的功能结构区，WIF1基因与Wnts结合抑制Wnt信号的功能主要是由WIF结构域完成的。WIF结构域同样是受体酪氨酸激酶Ryk的胞外结构域的组成部分，这说明Ryk受体同样可以结合Wnts并参与了Wnt信号通路。而在人类的卵巢中，如果Ryk过量表达，则会发生癌变，造成卵巢癌的发生（Katsoet al.Overexpression of H-Ryk in epithelial ovarian cancer:prognostic significance of receptor expression.ClinCancer Res,2000,6(8):3271-81）。

发明内容

本发明的目的在于获得一种猪产仔数性状的遗传标记，克隆猪WIF1基因序列，寻找突变位点以及基因多态性的检测方法，为猪的标记辅助提供一种选择方法。

本发明的技术方案如下：

本发明获得了一种猪产仔数性状的遗传标记，它是大白猪、太湖猪WIF1基因的DNA序列，其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5、SEQID NO：6、SEQ ID NO：7所示；通过上述序列进行ClustalW比对提供了位于该扩增片段133碱基处存在1个G/A突变（如图1所示），导致PCR-AseI-RFLP多态性。

申请人设计了一种扩增猪WIF1基因DNA序列的引物对，其核苷酸序列如SEQ ID NO：8和SEQ IDNO：9所示。

申请人提供了一种筛选猪产仔数性状的遗传标记的方法，其按照以下步骤制备：

从猪血液中提取基因组DNA。登录Ensembl数据库中下载猪WIF1基因序列作为靶序列，设计特异引物（该引物的序列如序列表SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9所示）。以大白猪和太湖猪的DNA为模板进行扩增（图1），对PCR产物回收和克隆测序，得到如序列表SEQ ID NO：1-7所示的基因片段；进而进行序列Clustalw比对，筛查SNP（如图3方框中所示碱基），在序列SEQ ID NO：1-7的133碱基处（即，该基因第5内含子115bp处）发现G/A等位基因突变，该突变表现了大白猪和太湖猪种间差异，并引起了AseI酶切位点（ATT↓AAT）多态性，SNP位点检测如图3所示。

本发明提供了鉴定上述序列G/A变异的AseI－RFLP（限制性内切酶酶切片段长度多态性）基因型分型方法。其引物序列分别如序列表SEQ ID NO：8和SEQ ID NO：9所示，在猪基因组DNA中进行PCR扩增，PCR扩增片段AseI酶切分型及检测。

进一步，本发明提供了利用AseI－RFLP方法确定猪不同基因型个体与产仔数性状间的关联分析的应用。