[发明专利]微小RNA及其用途

说明书

本申请是国际申请日为2005年5月14日的国际申请PCT/IB2005/002383进入中国、申请号为200580023699.2的题为“微小RNA及其用途”的发明专利申请的分案申请。

技术领域

本发明总的来说涉及微小RNA分子以及与其关联或从其衍生的各种核酸分子。

背景技术

微小RNA(miRNA)是参与基因调节的大约22个核苷酸的短RNA寡核苷酸。微小RNAs通过靶向mRNA以进行切割或翻译抑制来调节基因表达。尽管miRNAs存在于广泛的物种，包括秀丽隐杆线虫(C.elegans)、果蝇(Drosophila)和人中，但只是最近才对其进行了鉴定。更重的是，miRNA在疾病的发展和进展中的作用直至最近才开始得到认识。

由于其较小的大小的原因，一直以来，使用标准的方法学难以鉴定miRNAs。通过提取大量的RNA已鉴定了有限数目的miRNA。也已鉴定了对展示可通过视觉辨别的表型作出贡献的miRNA。表达阵列数据显示miRNA在不同发育阶段或不同的组织中表达。miRNA在某些组织中或有限的发育阶段上的限定表明迄今为止鉴定的miRNAs很可能只是总miRNA的小部分。

近年来已发展了用于鉴定基因组中剩余的miRNA的计算机方法。工具例如MiRscan和MiRseeker已鉴定了后来通过实验确认的miRNA。基于这些计算机工具，已估计人基因组包含200-255个miRNA基因。然而，这些估计基于这样的假设，即剩下待鉴定的miRNA具有和已鉴定的miRNA相同的性质。基于miRNA在哺乳动物生物学和疾病中的基本重要性，本领域需要鉴定未知的miRNA。本发明满足了该需要并提供了相当大数目的miRNA和其用途。

发明内容

本发明涉及包含pri-miRNA、pre-miRNA、miRNA、miRNA＊、抗-miRNA或miRNA结合位点、或其变体的序列的分离的核酸。所述核酸可包含表1中涉及的发夹结构的序列、表10的序列标志符(identifiers)6757248-6894882的序列、表17的序列标志符1-6318或18728-18960的序列、表1中涉及的miRNA的序列、表10的序列标志符1-117750或6894883-10068177的序列、表17的序列标志符6319-18727或18961-19401的序列、表4中涉及的靶基因结合位点的序列、表10的序列标志符117751-6757247的序列、其互补物、或包含和其具有至少60％同一性的至少12个邻接的核苷酸的序列。所述分离的核酸在长度上可以是5至250个核苷酸。

本发明也涉及包含所述核酸的探针。探针可包含和表2中称为在前列腺癌或肺癌中差异表达的miRNA互补的至少8至22个邻接的核苷酸。

本发明也涉及多种探针。所述多种探针可包含和表2中称为在前列腺癌中差异表达的各miRNA互补的至少一种探针。所述多种探针也可包含和表2中称为在肺癌中差异表达的各miRNA互补的至少一种探针。

本发明也涉及包含探针或多种探针的组合物。

本发明也涉及包含固体基质的生物芯片，所述基质包含多种探针。将所述探针的每一种在空间确定的地址上附着至基质上。生物芯片可包含和表2中称为在前列腺癌中差异表达的miRNA互补的探针。生物芯片也可包含和表2中称为在肺癌中差异表达的miRNA互补的探针。

本发明也涉及检测疾病关联的miRNA的差异表达的方法。可提供生物学样品并测量与下述序列具有至少70％同一性的核酸的水平，所述序列是表1中涉及的miRNA的序列、表10的序列标志符1-117750或6894883-10068177的序列、表17的序列标志符6319-18727或18961-19401的序列、或其变体。和对照相比，核酸水平上的差异指示差异表达。

本发明也涉及鉴定调节病理学状况的化合物的方法。可提供能够表达和下述序列具有至少70％的同一性的核酸的细胞，所述序列是表1中涉及的miRNA的序列、表10的序列标志符1-117750或6894883-10068177的序列、表17的序列标志符6319-18727或18961-19401的序列、或其变体。可将所述细胞和候选调节剂接触，然后测量所述核酸的表达水平。和对照相比，核酸水平上的差异鉴定该化合物为和该核酸关联的病理学状况的调节剂。