[发明专利]药物发现的方法

权利要求书

1.获得关于靶分子的化学活性区域信息的方法，包括：

提供一组化合物，包括许多基本刚性的化学量规；所述量规的每一种提供至少一种基本刚性的三角形部分，

使所述的靶点与所述量规相互作用；

测试所述量规与所述靶点的相互作用以获得许多测试结果；以及

分析所述测试结果以获得关于所述化学活性区域的信息，

其中，选择所述化合物组以使包含至少50％的所述空间化学构型空间的部分空间化学构型空间被所述量规的基本刚性的三角形部分所跨越，具有重叠因子为6，从而使得对于由所述部分包括的结合位点的各个三角形构型，所述多个量规包含至少6个具有基本上刚性的三角形部分的量规能够与所述结合位点的三角形构型进行化学上的结合，

所述的空间化学构型空间包括结合位点的三角形构型，该结合位点由在所述三角形构型的顶点的化学结合位点类型以及由所述三角形构型的顶点之间的三重距离所定义，各化学结合位点类型选自负电荷、正电荷、疏水、氢键供体、氢键受体，和芳香环，各距离在2至12埃的范围。

2.根据权利要求1的方法，其中选择所述化合物组以使所述覆盖4至8埃距离范围的空间化学构型空间的至少50％部分被跨越，具有重叠因子为6。

3.根据权利要求1的方法，其中所述的靶分子包括农业上的化学靶点。

4.根据权利要求1的方法，其中所述的靶分子包括药物靶点。

5.根据权利要求1的方法，其中使用刚性骨架构建所述量规。

6.根据权利要求1的方法，其中分析包括鉴别所述靶点活性区域内的结合位点的许多构型。

7.根据权利要求1的方法，包括从至少两个测试结果中重新构建至少部分所述化学活性区域的空间图谱，所述部分包括至少四个化学结合点。

8.根据权利要求7的方法，其中所述部分包括至少六个化学结合点。

9.根据权利要求6的方法，包括从至少两个所述的鉴定构型重新构建至少部分所述化学活性区域的空间图谱，所述部分包括至少四个化学结合点。

10.根据权利要求9的方法，其中所述部分包括至少六个化学结合点。

11.根据权利要求9的方法，其中重新构建包括：

从所述鉴定的构型测试-重新构建许多空间图谱；

为所述图谱评分；以及

基于其分数选择空间图谱。

12.根据权利要求10的方法，其中空间图谱包括足够的结合点以确保小分子药物的结合具有匹配结合点的化学特性。

13.根据权利要求12的方法，其中空间图谱包括至少6个结合点。

14.根据权利要求12的方法，其中空间图谱包括至少8个结合点。

15.根据权利要求1的方法，其中所述许多量规包括具有至少10,000个量规的量规组。

16.根据权利要求1的方法，其中所述许多量规包括具有至少50,000个量规的量规组。

17.根据权利要求1～16中任一项的方法，其中选择所述化合物组以使得覆盖4至12埃距离之间的范围的空间化学构型空间的至少50％的部分被跨越，具有重叠因子为6。

18.根据权利要求1～16中任一项的方法，其中选择所述化合物组以使得覆盖8至12埃距离之间的范围的空间化学构型空间的至少50％的部分被跨越，具有重叠因子为6。

19.根据权利要求1～16中任一项的方法，其中至少0.5％所述量规与所述至少一个靶点结合。

20.根据权利要求1～16中任一项的方法，其中至少1％所述量规与所述至少一个靶点结合。

21.根据权利要求1～16中任一项的方法，其中至少50％所述量规通过向少于100个骨架的组中加入部分而限定。

22.根据权利要求1～16中任一项的方法，其中所述多重量规通过加入少于15个不同的化学部分到骨架分子以限定所述量规的化学行为。

23.根据权利要求1～16中任一项的方法，其中所述多重量规使用少于10个不同的化学部分。