[发明专利]用于使用图表检测生物状态的存在的系统和方法

说明书

相关申请的交叉引用

这个申请是非临时的，而且要求在2009年11月13日美国临时专利申请第61/261,109号，名称为“用于使用图表检测生物状态的存在的系统和方法”（代理机构标签号021594-010300US），为了所有的目的，通过引用在此被全部结合。

背景技术

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）涉及伴有包含医院暴发的严重后果的感染，而且对各种各样的抗生素显现抵抗力，因此限制了治疗选择。与MRSA关联的保健有特殊的临床重要性，因为它不但对所有的青霉素和头孢菌素有显著的交叉抗性，而且还对多个其它通常使用的抗生素有典型的抗药性。MRSA感染的治疗通常需要更加昂贵的以及常常更加有毒性的抗生素，这通常被用作最后的防线。因此，MRSA的迅速检测对于治疗以及感染控制措施两者来说在临床上是至关紧要的。

由于MRSA可能常常与多个其它相关的细菌相互移植的事实，MRSA的检测进一步是复杂的，多个其它相关的细菌包含甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌（MSSA）、耐甲氧西林血浆凝固酶阴性葡萄球菌（MR-CoNS)和/或甲氧西林敏感血浆凝固酶阴性葡萄球菌（MS-CoNS）。

在临床微生物学实验室中用于MRSA的检测的传统方法涉及将来自样品的细菌进行培养作为第一步骤，用于MRSA与MSSA以及MR-CoNS的隔离和区分。这个方法是消耗时间的，而且需要最少20到24小时，直至知道结果为止。

对于耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA)的检测以及将它与甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌（MSSA）区分，许多基于分子的方法已经被出版。一个这样的方法靶向MRSA、葡萄球菌盒(Staphylococcus cassette)染色体的mecA基因（SCCmec，担负甲氧西林耐药性）以及金黄色葡萄球菌的矿泉基因的两个分离区域（美国专利5,702,895，Sinsimer等人，临床微生物学的期刊（Journal of Clinical Microbiology），2005年9月，45854591）。使用这个方法的MRSA的清楚的检测被非金黄色葡萄球菌菌株的相互存在所阻碍，非金黄色葡萄球菌菌株诸如是还持有用于甲氧西林耐药性的mecA基因的耐甲氧西林血浆凝固酶阴性葡萄球菌（MR-CoNS）（Becker等人，临床微生物学的期刊（Journal of Clinical Microbiology），2006年1月，p229-231）。

更近来的分子的方法对于SCCmec以及金黄色葡萄球菌基因组的侧翼区域（flanking region）利用引物以及探针（美国专利6,156,507，Huletsky等人，临床微生物学的期刊（Journal of Clinical Microbiology），2004年5月，p1875-1884）。SCCmec是可动遗传因子，可动遗传因子携带mecA基因，并且在orfX基因的3’端插入在特异性位点attBscc。SCCmec的左末端邻接有attBscc的无orfX侧，同时SCCmec的右末端邻接有attBscc的orfX侧（Ito等人，Antimicrob.Agent Chemother.2001，45，p1323-1336；Ito等人，Antimicrob.Agent Chemother.2004，48，p2637-2651，Noto等人，J.Bacteriol.2008，190:1276-1283）。这个方法从SCCmec/orfX接点的检测来推断mecA基因的存在。当已经有描述的许多不同类型的SCCmec时，这个方法需要多个引物的使用。这个方法还受到由没有包含mecA基因的SCCmec盒的存在所引起的假阳性结果（Farley等人，临床微生物学的期刊（Journal of Clinical Microbiology），2008年2月，p743-746）以及由新出现的SCCmec类型没有被化验覆盖所引起的假阴性结果（Heusser等人，Antimicrob.Agent s Chemother.2007年1月，p390-393）。

另一个方法利用跨越不同的SCCmec类型的高同源性的区域中的一个引物以及侧翼金黄色葡萄球菌DNA中的一个引物（Cuny等人，Clin.Microbiol Infect 2005；11：834-837，欧洲专利1529847B1）。这个方法也经受假阳性，因为随着引物包围这个区域，同样引发MSSA的概率是高的。