本发明公开稻瘟病抗性基因Pik‑zh的功能特异性分子标记与应用，稻瘟病抗性基因Pik‑zh功能特异性分子标记为Pik‑zh‑InDel，通过引物对SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2从携带有稻瘟病抗性基因Pik‑zh的水稻品种的基因组DNA中扩增出来与稻瘟病抗性基因Pik‑zh呈特异性带型的分子标记；其中，SEQ ID NO.1为5’‑AGCAGTGGGACGAGTGGGA‑3’；SEQ ID NO.2为5’‑GGTAGGACACCTGCCATCA‑3’；本发明获得的稻瘟病抗病基因Pik‑zh的功能特异性分子能够应用于鉴别水稻品种中稻瘟病抗性基因。
