本发明公开了一种鉴定水稻低植酸突变体zju-lpa3杂交后代基因型的引物及方法,该引物碱基序列如SEQ ID NO.2~4所示,该方法包括:(1)提取水稻样品苗期叶片总DNA;(2)以所述总DNA为模板利用所述的引物进行PCR扩增,扩增产物经凝胶电泳分离、染色后拍照成像;(3)根据成像结果,判断水稻样品的基因型;本发明公开的引物为基因功能性引物,因此,不存在遗传上的交换,也不需要表型的进一步验证;可以对大量zju-lpa3杂交后代群体进行筛选,并且可在苗期对其叶片进行检测,从而准确高效鉴定出含水稻低植酸基因ZJU-LPA3的LPA水稻材料,加快LPA水稻育种进程。