本发明公开一种鉴别低温刺激型秀珍菇的ISSR‑SCAR标记及其应用方法。本发明开发了一对特异分子标记引物Xiu1(5ˊ端引物序列如SEQ ID NO:1所述;3ˊ端引物序列如SEQ ID NO:2所述),采用该引物对目标材料秀珍菇菌株的基因组DNA进行PCR扩增,若目标材料秀珍菇菌株属于低温刺激型秀珍菇品种,则能扩增出大小为205bp的特异性DNA片段(该片段的核苷酸序列如SEQ ID NO:4所述),从而有效鉴别出低温刺激型秀珍菇菌株和非低温刺激型秀珍菇菌株。本发明方法不仅操作简单,且准确率达100%,进而能加快秀珍菇品种的鉴别和秀珍菇定向选育进度。