本发明公开了番茄抗白粉病相关的分子标记及其应用。该方法包括检测番茄基因组中SEQ ID No.4的第100‑101位核苷酸是否缺失,根据所述基因型鉴定或辅助鉴定番茄抗白粉病抗性及进行番茄育种,所述基因型为GG或GT的待测番茄为或候选为抗番茄白粉病的番茄;所述基因型为TT的待测番茄为或候选为感白粉病的番茄;所述基因型为GG或GT的待测番茄的白粉病抗性高于所述基因型为TT的待测番茄。可将检测所述番茄基因组中SEQ ID No.4的第100‑101位核苷酸是否缺失的物质与其他物质(如检测其他与番茄抗白粉病相关的分子标记的单核苷酸多态性或基因型的物质)联合在一起制备鉴定番茄抗白粉病品种产品