本发明具体涉及一种赖草生长素输出载体及其编码基因与应用,属于植物基因工程技术领域。本发明首次发现了赖草的生长素输出载体,其氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示,编码基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明的赖草生长素输出载体与拟南芥AtPIN1的功能相近,在赖草中是影响根茎生长素运输及根发育的关键转运子。赖草生长素输出载体编码基因的过表达促进了转基因拟南芥中生长素的极性运输和根的发育,并促进了生长素的积累,这些结果表明,赖草生长素输出载体对赖草根系发育和生长素运输具有重要影响,通过利用赖草生长素输出载体调控根系发育的功能