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[发明专利]生物信息学-CN202180033868.X在审
发明人： V·塞鲁洛;C·卡帕索;T·西卡宁;S·菲奥拉;S·塔卡;J·奇亚罗 -专利权人：赫尔辛基大学
申请日： 2021-05-06 - 公布日： 2022-12-30 - 主分类号： G01N33/543 文献下载
摘要：本发明涉及用于肿瘤抗原鉴定的装置和用于肿瘤抗原鉴定的方法；在使用所述装置和/或方法后鉴定的肿瘤抗原；包含所述肿瘤抗原的药物组合物；使用所述装置和/或所述方法治疗癌症的方法；使用所述装置和/或所述方法对患者进行癌症治疗分层的方法；涉及使用所述装置和/或方法对患者进行癌症治疗分层然后施用癌症治疗剂的治疗方案；以及使用所述装置和/或所述方法鉴定的肿瘤抗原用作癌症疫苗或免疫原性剂或癌症疗法。
生物信息学

[发明专利]一种生物信息学高性能计算平台的测试方法-CN202010123124.4在审
发明人：江玥;戴俊程;何元林 -专利权人：南京亿科人群健康研究院有限公司
申请日： 2020-02-27 - 公布日： 2020-06-30 - 主分类号： G06F11/36 文献下载
摘要：本发明公开了一种生物信息学高性能计算平台的测试方法，具体包括以下步骤：S1、了解生物信息学需要进行计算测试的需求，并将需求内容记录下来，再根据计算需求选择与生物信息学相匹配的高性能计算平台；S2、根据S1中，选择好匹配的高性能计算平台后，根据计算测试的需求，创建性能测试任务的信息，根据任务信息，本发明涉及生物信息学技术领域。该生物信息学高性能计算平台的测试方法，该测试方法通过选择与生物信息学相匹配的计算平台，然后在对该平台进行高性能测试，将得到的性能指标与标准性能指标进行分析对比，可得出准确的性能测试结果，同时在不同的生物信息学中具有通用性，满足对生物信息学计算平台的测试要求。
一种生物信息学性能计算平台测试方法

[发明专利]一种生物信息学高性能计算平台的测试方法-CN201410196381.5在审
发明人：金莲 -专利权人：浪潮电子信息产业股份有限公司
申请日： 2014-05-12 - 公布日： 2014-08-13 - 主分类号： G06F19/28 文献下载
摘要：本发明提出了一种生物信息学高性能计算平台的测试方法，属于计算机科学和生物信息学的交叉学科。本发明主要包括如下流程：搭建生物信息学分析的计算平台，平台操作系统安装，平台编译器安装，平台应用软件部署，平台应用软件测试，数据整理；通过本方法所述测试方法,使生物信息学计算平台的测试标准，规范化，为生物信息学计算平台的性能评估提供参考和依据
一种生物信息学性能计算平台测试方法

[发明专利]在高性能集群系统中安装生物信息学类应用程序的方法-CN201310260112.6在审
发明人：姜金良;马少杰;曹振南;李斌;赵明坤;侯雪峰;何沧平;田相桂;杨亮;易成;曹征;苗春葆;胡耀国;范娟 -专利权人：曙光信息产业（北京）有限公司
申请日： 2013-06-26 - 公布日： 2013-09-25 - 主分类号： G06F9/445 文献下载
摘要：本发明公开了一种在高性能集群系统中安装生物信息学类应用程序的方法，包括：载入生物信息学类应用程序的环境变量；根据当前安装平台的系统类型和网络配置选择对应的数学库；利用环境变量和数学库，安装生物信息学类应用程序通过本发明所提供在高性能集群系统中安装生物信息学类应用程序的方法提高了安装高性能集群系统中安装生物信息学类应用程序的效率。
性能集群系统安装生物信息学应用程序方法

[发明专利]一种测试生物信息学计算平台性能的方法-CN201410408945.7在审
发明人：金莲;吕文静;刘羽;陈博文;于涛 -专利权人：浪潮（北京）电子信息产业有限公司
申请日： 2014-08-19 - 公布日： 2014-11-19 - 主分类号： G06F11/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种测试生物信息学计算平台性能的方法，包括：选择适用于生物信息学的基础计算平台；对所选择的基础计算平台进行性能测试，得到标准性能指标；对待测试生物信息学计算平台进行性能测试，将得到的性能指标与标准性能指标进行比较通过本发明的方案，将对基础计算平台的性能测试作为标准性能指标，利用标准性能指标来衡量待测试计算平台，从而实现了对生物信息学计算平台的性能的测试。
一种测试生物信息学计算平台性能方法

[发明专利]一种生物信息学高性能计算平台的信息化管理设计方法-CN201210439757.1无效
发明人：金莲 -专利权人：浪潮电子信息产业股份有限公司
申请日： 2012-11-07 - 公布日： 2013-03-20 - 主分类号： G06Q10/06 文献下载
摘要：本发明提供一种生物信息学高性能计算平台的信息化管理设计方法，在生物信息学中一般涉及到多种实验流程，如DNA文库构建，基因组测序，数据处理，结果分析，成果产出，数据共享等多个环节，每个环节有不同的技术人员参与，因此在各个环节传递或是承接中会出现信息丢失或是效率低下等等问题，目前还没有一套完整的方法将整个环节系统性的连接在一起，也没有专业化的工具管理生物信息平台，本发明是一种针对生物信息学高性能计算的实验室信息管理方法，目的是规范生物信息学中实验阶段和计算阶段的流程管理，提高工作效率。
一种生物信息学性能计算平台信息化管理设计方法

[发明专利]一种生物信息学高性能计算平台的存储配置以及优化策略-CN201410203845.0在审
发明人：金莲 -专利权人：浪潮电子信息产业股份有限公司
申请日： 2014-05-15 - 公布日： 2014-08-13 - 主分类号： G06F3/06 文献下载
摘要：本发明公开了一种生物信息学高性能计算平台的存储配置以及优化策略，先确定适用于生物信息学平台的的存储方案配置，确定存储空间，存储节点内和计算节点的网络链接方式，磁盘配额的设定，磁盘区间划分；对于存储性能优化方面使用自动精简存储容量本发明结合目前生物信息学计算的特点，存储需求，提出计算平台的存储配置思路，以及存储优化方法，提供了生物信息学高性能计算平台存储方案，可以为集群方案配置提供参考，并给出存储优化的一些方法，可以作为存储系统优化的思路
一种生物信息学性能计算平台存储配置以及优化策略

[发明专利]基因组/蛋白质组序列的表示、可视化，比较以及报告-CN201910585009.6在审
发明人： R·辛格;S·库马尔;B·查克拉巴蒂 -专利权人：皇家飞利浦有限公司
申请日： 2012-07-04 - 公布日： 2019-10-15 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：基因组或蛋白质组数据被编码为包括生物信息学字符集(20)的字符的基因组或蛋白质组字符串。基因组或蛋白质组数据的每一个碱基或肽通过生物信息学字符集的单个字符来表示，以及生物信息学字符集的每个字符编码(I)碱基或肽以及(II)与该碱基或肽相关联的至少一个注释的数据值。该基因组或蛋白质组数据通过使用映射到生物信息学字符集的生物信息学字体(40)显示基因组或蛋白质组字符串来被显示。
基因组生物信息学蛋白质组字符串字符集碱基蛋白质组数据单个字符字符串函数字符编码可视化映射字体关联更新

[发明专利]使用生物信息学字符集和和映射的生物信息学字体的基因组／蛋白质组序列的表示、可视化，比较以及报告-CN201280033367.2在审
发明人： R·辛格;S·库马尔;B·查克拉巴蒂 -专利权人：皇家飞利浦有限公司
申请日： 2012-07-04 - 公布日： 2014-05-14 - 主分类号： G06F19/26 文献下载
摘要：基因组或蛋白质组数据被编码为包括生物信息学字符集(20)的字符的基因组或蛋白质组字符串。基因组或蛋白质组数据的每一个碱基或肽通过生物信息学字符集的单个字符来表示，以及生物信息学字符集的每个字符编码(I)碱基或肽以及(II)与该碱基或肽相关联的至少一个注释的数据值。该基因组或蛋白质组数据通过使用映射到生物信息学字符集的生物信息学字体(40)显示基因组或蛋白质组字符串来被显示。
使用生物信息学字符集映射字体基因组蛋白质序列表示可视化比较以及报告

[发明专利]合成WGS生物信息学验证-CN201780041482.7在审
发明人：查尔斯·瓦斯克;拉胡尔·帕鲁勒卡尔;约翰·扎卡里·桑伯恩;斯蒂芬·本茨;马克·约翰逊 -专利权人：南托米克斯有限责任公司
申请日： 2017-06-30 - 公布日： 2019-05-21 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：公开了用于生成合成基因组数据集和验证用于基因组分析的生物信息学管道的系统、方法和设备。在优选的实施方案中，具有已知变体的合成的母系和父系数据集与匹配的正常合成数据集一起使用以验证各种生物信息学管道。使用合成数据集评估生物信息学管道，以评估设计的变更和改进。报告了合成数据集中调用变体中管道的准确度、PPV、特异性、灵敏度、再现性和检测限。
生物信息学合成数据合成验证变体方法和设备基因组分析基因组数据准确度灵敏度数据集再现性评估调用优选匹配变更检测改进

[发明专利]一种批量分析微卫星数据的生物信息学方法-CN201811649699.9有效
发明人：范李强;商海红;袁有禄;张志斌;范森淼;邹先炎;张震;刘爱英;葛群;李俊文;龚举武;巩万奎;石玉真 -专利权人：中国农业科学院棉花研究所
申请日： 2018-12-30 - 公布日： 2022-11-18 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种批量分析微卫星数据的生物信息学方法。本发明所提供的批量分析微卫星数据的生物信息学方法综合运用了检测微卫星无效等位位点的Cervus、MICRO‑CHECKER软件，计算群体遗传结构的STRUCTURE分析和PCoA分析，以及结合Perl脚本语言编程等方法实验证明，本发明所提供的批量分析微卫星数据的生物信息学方法全面而系统，去除无效等位位点的微卫星数据更加准确，整个批量处理过程只需要在Windows系统中即可完成，操作简单可行，效率高，准确性好。
一种批量分析卫星数据生物信息学方法

[发明专利]基于生物信息学分析植物性食物过敏原线性表位的方法-CN201811242247.9在审
发明人：车会莲;杨帅;李欣芮;陈成;范卓妍;张亚妮;贺晓云 -专利权人：中国农业大学
申请日： 2018-10-24 - 公布日： 2020-05-01 - 主分类号： G16B50/30 文献下载
摘要：本发明提供一种基于生物信息学分析植物性食物过敏原线性表位的方法，包括以下步骤：利用生物信息学数据库获取植物性食物过敏原的线性表位、氨基酸序列、二级结构和三级结构；利用生物信息学软件分析所述线性表位，包括其氨基酸组成及出现频率本发明利用生物信息学数据库及软件分析植物性食物过敏原的氨基酸序列、二级结构和三级结构等，从而分析植物性食物过敏原线性表位与其高级结构的位置关系及特性，既快速准确又无需实验，对线性表位的深入研究有助于对食物致敏性的研究
基于生物信息学分析植物性食物过敏原线性方法

[发明专利]用于下载安装和管理生物信息软件与数据库的方法及系统-CN201810017488.7在审
发明人：黄金艳;李剑峰 -专利权人：上海交通大学医学院附属瑞金医院
申请日： 2018-01-09 - 公布日： 2019-02-12 - 主分类号： G06F8/61 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于下载安装和管理生物信息软件与数据库的方法，包括以下步骤：收集并整理各类生物信息分析工具；在云端进行存储并建立管理系统；定义工具的使用管理规则；根据使用管理规则提供工具给请求用户。还公开了一种用于下载安装和管理生物信息软件与数据库的系统。用于管理、下载、安装各类生物信息学软件和数据库，其可以自动化的完成大量生物信息学软件、数据库的下载和安装，并对本地生物信息学软件和数据库进行管理。通过将下载、安装过程进行统一格式的规范表达，提供了一种更为自动化的方式，去完成生物信息软件、数据库的下载、安装以及管理步骤。
下载数据库生物信息软件生物信息学软件使用管理管理自动化生物信息分析安装过程定义工具管理步骤规则提供建立管理请求用户统一格式云端存储

[发明专利]用于变应原的选择性定量与检测的系统和方法-CN201580054866.3在审
发明人： T·J·阿曼;B·W·谢弗;R·C·希尔;G·单 -专利权人：美国陶氏益农公司
申请日： 2015-08-11 - 公布日： 2017-05-31 - 主分类号： G01N30/72 文献下载
摘要：本发明涉及这样的方法和系统，其借助生物信息学研究来鉴定候选特征肽，以供利用质谱对来自植物、植物部分和/或食物产品的复杂蛋白质样品进行定量多路分析。提供了利用生物信息学手段选择用于定量的候选特征肽的用途和方法。还提供了包含色谱和质谱的系统，用于使用选定的特征肽。
用于变应原选择性定量检测系统方法

[发明专利]用于变应原的选择性定量与检测的方法和系统-CN201580054874.8在审
发明人： T·J·阿曼;B·W·谢弗;R·C·希尔;G·单 -专利权人：美国陶氏益农公司
申请日： 2015-08-11 - 公布日： 2017-05-31 - 主分类号： G01N33/68 文献下载
摘要：本发明涉及这样的方法和系统，其借助生物信息学研究来鉴定候选特征肽，以供利用质谱对来自植物、植物部分和/或食物产品的复杂蛋白质样品进行定量多路分析。提供了利用生物信息学手段选择用于定量的候选特征肽的用途和方法。还提供了包含色谱和质谱的系统，用于使用选定的特征肽。
用于变应原选择性定量检测方法系统

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