本发明公开了一种多纹钱蝶鱼遗传性别的特异分子标记,该分子标记为两条在多纹钱蝶鱼X染色体和Y染色体中部分同源的DNA片段,其核苷酸序列依次如SEQ ID NO:1~2所示。本发明首次从多纹钱蝶鱼基因组信息中筛选到两条在多纹钱蝶鱼X染色体和Y染色体上部分同源DNA片段,并建立多纹钱蝶鱼遗传性别鉴定方法,可以快速、准确的区分多纹钱蝶鱼遗传性别。本发明提供的检测和鉴定方法可用于多纹钱蝶鱼性别鉴定和筛选,适用于实验室或水产养殖企业准确鉴定多纹钱蝶鱼遗传性别。对研究多纹钱蝶鱼性别决定和分化机制、实现其性别控制具有重要意义。