本发明公开了一种工程菌及其在制备(3R,5S)‑6‑氯‑3,5‑二羟基己酸叔丁酯中的应用,该工程菌包括宿主细胞和转入宿主细胞的目的基因,所述目的基因为如SEQ ID NO.3所示的羰基还原酶基因。本发明将SEQ ID NO.3所示的羰基还原酶基因导入宿主细胞构建的工程菌可表达羰基还原酶Dkr,通过该酶的催化作用可实现将(S)‑6‑氯‑5‑羟基‑3‑羰基己酸叔丁酯不对称还原成(3R,5S)‑6‑氯‑3,5‑二羟基己酸叔丁酯,该反应条件温和,操作简便,采用异丙醇辅酶再生的方式,使反应过程中无需进行pH的实时调节,不仅避免了化学法存在的反应条件苛刻、催化剂制备复杂等问题,还对生物法进行了一定的改进,