本发明涉及一种特异性标记纳卡变形微孢子虫的核酸探针及其荧光原位杂交检测方法,其核酸探针的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示;原位杂交具体步骤如下:取感染纳卡变形微孢子虫的家蚕寄生囊组织,进行固定后进行脱色处理,然后加入含所述核酸探针的杂交液进行杂交,杂交结束清洗,然后用DAPI对寄生囊的细胞核以及纳卡变形微孢子虫的细胞核进行标记,再用荧光显微镜,观测荧光探针标记结果;本发明的核酸探针与纳卡变形微孢子虫结合灵敏度高,具有更高的特异性,而且操作简便,结果更直观可靠,可以标记寄生囊中除成熟孢子以外的各发育阶段的病原。