本发明公开了一种太湖新银鱼微卫星DNA分子标记的引物及其制备方法。所述太湖新银鱼微卫星DNA分子标记的引物包括如序列表中SEQ ID NO.1‑SEQ ID NO.38所示的引物。所述制备方法包括将太湖新银鱼的基因组的酶切片段经第一次PCR扩增后与生物素重复探针杂交,将杂交产物通过磁珠富集法筛选出微卫星片段,将微卫星片段经过克隆和阳性鉴定后进行测序,得到相应的微卫星位点序列;设计引物,引物与太湖新银鱼的基因组进行PCR扩增;将扩增产物采用电泳分离,再经过固定、银染处理;挑选出多态性位点的微卫星引物。利用该制备方法得到的19对引物能在太湖新银鱼的样本中扩增出条带清晰、多态性高的微卫星条带,有助于对太湖新银鱼从遗传学的角度去分析其入侵适应机制。