本发明公开了一种真菌病毒诱导的基因沉默载体及其构建方法和应用,属于基因工程领域。该真菌病毒诱导的基因沉默载体的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示,其构建方法包括(1)将真菌病毒FgGMTV1/HB58的3个单链环状DAN分子DNA‑A、DNA‑B和DNA‑C串联并导入同一载体,构建重组载体;(2)对所述重组载体中的DNA‑C分子的编码蛋白p26进行缺失突变,获取真菌病毒诱导的基因沉默载体。本发明构建通过缩短DNA‑A、DNA‑B和DNA‑C并串联后导入同一载体构建的基因沉默载体,经试验,结果显示该基因沉默载体可以有效控制小麦赤霉病,为小麦赤霉病的防控提供了新的方向。