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[发明专利]确定宏基因组菌种数据集及组装菌种基因组的方法和系统-CN202111669604.1在审
发明人：齐彦伟;邓礼;张跃;古盛强;郭立东;范广益;徐梦阳;陈建威 -专利权人：深圳华大生命科学研究院;青岛华大基因研究院
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2023-07-11 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明属于生物技术领域，公开了一种确定宏基因组菌种数据集及组装菌种基因组的方法和系统。所述方法包括：1)基于宏基因组参考基因组的序列信息，构建参考基因组的序列特征库；2)将宏基因组测序数据的测序读长映射到参考基因组的序列特征库，获得测序读长的菌种分类编号；3)根据测序读长的菌种分类编号，估计菌种的丰度信息；4)基于估计的菌种的丰度信息及读长间关联信息，确定单菌种序列数据集；5)使用单菌种序列数据集进行菌种基因组组装；6)过滤所述组装的初级组装序列。本发明能实现大规模并行计算，优化总体运行时间、内存消耗、存储，并避免菌种间组装干扰，获得更多完整度高、污染度低的高质量宏基因组单菌基因组序列信息。
确定宏基菌种数据组装基因组方法系统

[发明专利]一种真核生物泛转录组注释方法-CN202111671919.X在审
发明人：李志刚;缪卫国;纪晓贝 -专利权人：海南大学
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2022-04-19 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提供一种真核生物泛转录组注释方法，包括以下步骤：将3个以上不同来源的真核物种样品转录组数据比对到参考基因组上，获得相应的基因结构注释信息，整合，得到依赖参考基因组的转录组注释结果；将样品转录组数据进行拼接组装，获得相应的成熟转录本序列信息，将成熟转录本序列信息比对参考基因组，获得相应的基因结构信息，得到不依赖参考基因组的转录组注释结果；整合结构转录本注释信息，过滤无法比对参考基因组的转录本，得新的转录本注释信息；整合样品高通量转录组数据，可获得目标真核物种的泛转录组注释信息。
一种生物转录注释方法

[发明专利]药物代谢酶代谢型评估方法-CN201711204791.X在审
发明人：马超 -专利权人：慧算医疗科技（上海）有限公司
申请日： 2017-11-27 - 公布日： 2018-04-06 - 主分类号： G06F19/10 文献下载
摘要：本发明提供一种药物代谢酶代谢型评估方法，包括步骤S1自预设基因数据库获取基因的单倍型变异型等位基因命名并形成基因信息表；S2根据基因信息表获双倍型变异型等位基因命名序列；S3形成代谢型获得代谢型信息表；S4根据基因检测结果获得位点双倍型命名表；S5获得第一单倍型变异型等位基因命名序列；S6根据各单倍型变异型等位基因酶活性获得第二单倍型变异型等位基因命名序列；S7自第二单倍型变异型等位基因命名序列获得双倍型变异型等位基因命名结果；S8自代谢型信息表检索获得代谢型检测结果。本发明的一种药物代谢酶代谢型评估方法，可准确判断基因代谢型，在药物代谢酶基因检测与个性化用药方面具重要意义。
药物代谢评估方法

[发明专利]一种组织特异性基因及调控因子数据存储方法-CN201010160978.6无效
发明人：赵菲菲;宫秀军;刘新觅 -专利权人：天津大学
申请日： 2010-04-30 - 公布日： 2010-09-29 - 主分类号： G06F19/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种组织特异性基因及调控因子数据存储方法，通过建立包括组织库、基因库、基因别名库、组织特异性基因库及组织特异性基的组织库的组织特异性基因及调控因子数据库来实现数据存储，该方法包括以下步骤：利用文献挖掘的形式在Pubmed文献数据库抽取出组织特异性基因；将查到的组织信息添加到组织库中；利用基因的名字在EMBL、Genebank、NCBI中检索基因的信息，并把此信息添加到基因库对应的条目中；利用从Transfac、EPD及compel数据库中查找基因的调控信息生成基因调控因子XML文件；与现有技术相比，本发明能够使利用现代计算技术挖掘基因表达及调控网络织组特异性内在机制的研究者，方便获取组织特异性基因序列及相应调控因子的数据，充分利用组织特异性基因分析工具，提高研究的质量和效率。
一种组织特异性基因调控因子数据存储方法

[发明专利]确定林木基因组中假基因的方法-CN201710359550.6在审
发明人：张德强;李英;谢剑波 -专利权人：北京林业大学
申请日： 2017-05-19 - 公布日： 2018-09-07 - 主分类号： G06F19/22 文献下载
摘要：本发明公开了一种确定林木基因组中假基因的方法，其包括以下步骤：获得待测林木的基础生物信息，所述基础生物信息包括蛋白质序列、基因组序列和功能基因的染色体位置；利用Pseudopipe法对所述待测林木进行假基因鉴定处理，以便获得原始假基因数据；对所述原始假基因数据进行重复项删除处理，以便获得候选假基因数据；以及根据功能基因和假基因在染色体上的物理位置信息，对所述候选假基因数据进行去除假阳性处理，以便确定所述待测林木基因组中的假基因利用该方法能够有效地确定林木基因组中的假基因，并且该方法操作简单，易于掌握，需时短，无需额外的配套条件，成本低，且所得结果准确性好，可靠度高，适于推广。
林木基因组基因数据基因功能基因基础生物物理位置信息蛋白质序列基因组序列结果准确性染色体位置林木基因鉴定配套条件删除处理假阳性可靠度有效地染色体去除重复

[发明专利]用于检测RNA水平基因融合的方法、电子设备和计算机存储介质-CN202010066733.0有效
发明人：王凯;陈惠 -专利权人：至本医疗科技（上海）有限公司;上海至本医学检验所有限公司
申请日： 2020-01-20 - 公布日： 2021-03-16 - 主分类号： G16B40/20 文献下载
摘要：本公开涉及一种用于检测RNA水平基因融合的方法、电子设备和计算机存储介质。该方法包括：接收全基因组比对信息和全转录组比对信息；针对成对失调读长进行聚类，以生成多个大簇；针对符合第一预定条件的大簇进行全基因组层面的基因注释，以便基于对应基因生成用于标识大簇的第一基因组合名称；基于全转录组比对信息，针对多个成对读长进行全转录组层面的基因注释，以便基于对应基因生成用于标识多个成对读长的第二基因组合名称；以及识别第一基因组合名称和第二基因组合名称所关联的相同的对应基因，以便将相同的对应基因确定为潜在的融合基因本公开有助于对假阳性的快速正确识别，能够明显降低基因融合检测结果的假阳性。
用于检测 rna 水平基因融合方法电子设备计算机存储介质

[发明专利]基于图注意力网络和多组学融合的癌症驱动基因预测装置-CN202210825707.0有效
发明人：周展;赵文艺;吴健 -专利权人：浙江大学
申请日： 2022-07-13 - 公布日： 2023-09-22 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于图注意力网络和多组学融合的癌症驱动基因预测装置，实现的预测包括：基于基因相关数据构建的基因关联图谱和根据癌症多组学数据生成的多组学特征矩阵构建多维度基因网络；利用癌症驱动基因预测模型对多维度基因网络进行预测计算，包括：采用图注意力网络对输入的多维度基因网络提取不同维度的基因表征后，对不同维度的基因表征通过多头注意力机制实现跨维度的信息共享，获得同时融合了维度相关的全局信息和跨维度信息的共享基因表征，使用注意力机制计算不同维度基因表征的重要性，并根据重要性将所有维度的共享基因表征自适应融合为融合基因表征，对融合基因表征进行计算以预测癌症驱动基因，提升了预测准确率和可靠性。
基于注意力网络多组学融合癌症驱动基因预测装置

[发明专利]一种获得已知TDNA侧翼序列插入基因组位点的方法-CN202110499333.3在审
发明人：李阳;张越 -专利权人：武汉伯远生物科技有限公司
申请日： 2021-05-08 - 公布日： 2021-07-13 - 主分类号： C12N15/82 文献下载
摘要：本发明属于转基因技术领域，具体公开了一种获得已知TDNA侧翼序列插入基因组位点的方法。本发明通过农杆菌转化法得到转基因植株，插入植物基因组的部分为转基因载体上LB到RB区间的部分，通过已知的TDNA侧翼序列中的LB—RB区间得到插入位置附近植物基因组序列信息，从而得到转基因插入基因组的位置信息；另外，本发明不需要繁琐的实验过程以及大量的测序分析，就可得到基因组序列信息，通过一次PCR程序即可完成特异性片段的富集，在一代测序的少量数据中即可分析得到插入位置的信息，简单高效，具有一定的应用前景。
一种获得已知 tdna 侧翼序列插入基因组方法

[发明专利]用于获取和处理基因组信息以产生基因变体解释的筛选系统和方法-CN202180018103.9在审
发明人： E·莫加内拉;Y·达曼;L·庞廷;E·S·麦凯 -专利权人：康捷尼科有限公司
申请日： 2021-01-15 - 公布日： 2022-11-11 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：筛选系统包括控制电路，该控制电路基于参考基因组和代表受试者的编译基因组之间的差异确定存在于代表受试者的编译基因组中的基因变体，并从受试者的观察中获取表型信息。控制电路进一步生成多维数据结构，其包括关于第一维度的基因变体、关于第二维度的表型信息；以及关于第三维的一组数据样品。该组数据样品包括代表受试者的编译基因组序列，以及其他受试者的相应历史数据样品，包括其他受试者的相应转录信息(例如，包括表型信息)及其基因变体。控制电路使用相关性函数执行基因变体解释，以基于生成的多维数据结构找到表型‑基因变体关系。
用于获取处理基因组信息产生基因变体解释筛选系统方法

[发明专利]基于计算机分析来改良菌株的方法-CN200580045430.4无效
发明人：李相烨;金兑勇;李东烨;李尚俊 -专利权人：韩国科学技术院
申请日： 2005-05-23 - 公布日： 2008-05-07 - 主分类号： C12N1/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于计算机分析来改良菌株的方法，其中将用于生产有用物质的靶菌株基因组信息与用于过量生产有用物质的菌株基因组信息相比对，以便初筛出对于过量生产有用物质来说不必要的基因，然后利用代谢流分析通过模拟来二次筛选出要去除的基因根据本发明，通过代谢和遗传工程方法可以有效地构建改良的菌株，包括比对分析靶菌株用于生产有用物质的基因组信息和生产大量有用物质的菌株基因组信息以筛选出候选基因，并在筛选的候选基因上进行计算机模拟以选出要去除的基因组合
基于计算机分析改良菌株方法

[发明专利]基于第三代基因测序数据的外源插入信息的检测方法和装置-CN202211629203.8有效
发明人：姜亚菲;龚佳震;刘淼;陶琳娜;王静 -专利权人：北京诺禾致源科技股份有限公司
申请日： 2022-12-19 - 公布日： 2023-03-28 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于第三代基因测序数据的外源插入信息的检测方法和装置，涉及外源信息插入检测技术领域，缓解了现有技术中对于外源信息插入的检测速度慢、准确率低的技术问题。该方法包括：对待检测个体进行三代测序，整合参考基因和外源基因得到整合基因组，将测序结果与整合基因组进行比对，得到确定外源信息插入的第一Reads及插入位点，以及参考基因与外源基因插入片段之间的易位点；基于第一Reads与易位点，准确地检测外源序列的插入信息，包括插入的位点及插入的序列。
基于第三代基因序数插入信息检测方法装置

[发明专利]自动生成基因检测报告的方法及装置、电子设备-CN201811496923.5有效
发明人：侯晓帆;胡菲菲;蔡文君;李明壮 -专利权人：荣联科技集团股份有限公司
申请日： 2018-12-07 - 公布日： 2021-06-22 - 主分类号： G16H15/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种自动生成基因检测报告的方法及装置、电子设备，包括：获取受检者的遗传信息和样本信息，所述样本信息包括变异注释文件，所述变异注释文件包括基因注释信息；选取基因检测报告模板；设置筛选过滤条件；根据所述筛选过滤条件，查询生物医学数据库，获取注释查询结果，查询变异注释文件，获取变异注释结果；根据注释查询结果和变异注释结果，按照所选基因检测报告模板自动生成基因检测报告。本发明能够自动生成癌症基因检测报告，科学准确。
自动生成基因检测报告方法装置电子设备

[发明专利]一种基因序列的比对方法、装置、电子设备和存储介质-CN202210734332.7在审
发明人：刘腾宇;张驭洲;卜景德;赵红朋 -专利权人：中科曙光国际信息产业有限公司
申请日： 2022-06-27 - 公布日： 2022-09-16 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因序列的比对方法、装置、电子设备及存储介质，该方法包括：获取待比对的第一基因序列以及至少一个第二基因序列；根据碱基数值映射关系，获取第一基因序列的碱基数值图，以及第二基因序列的碱基数值图；根据第一基因序列的碱基数值图，与第二基因序列的碱基数值图之间的图像相似度，获取第一基因序列与第二基因序列之间的序列相似度。本发明实施例的技术方案，实现了序列信息到图像信息的转换，压缩了基因序列的特征信息，进而通过对图像特征的提取，实现了基因序列之间的比对，减少了序列数据的计算量，提升了基因序列的比对效率。
一种基因序列方法装置电子设备存储介质

[发明专利]一种骨肿瘤基因变异及药物解读多数据库交互系统-CN201810699316.2在审
发明人：杨丽;杨达梅;周琴;陈雷 -专利权人：迈凯基因科技有限公司
申请日： 2018-06-29 - 公布日： 2018-11-30 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明实施例公开了一种骨肿瘤基因变异及药物解读多数据库交互系统，包括：骨肿瘤基因变异信息数据库、骨肿瘤药物治疗数据库以及骨肿瘤文献信息数据库；各数据库用于存储对应的数据；其中，骨肿瘤药物治疗数据库包括骨肿瘤基因变异与药物治疗批准信息数据库、骨肿瘤基因变异与药物治疗专家共识信息数据库以及骨肿瘤基因变异与药物治疗临床试验信息数据库。通过建立多数据库交互系统，能够存储骨肿瘤基因变异及药物相关数据，该交互系统数据量完善且易于使用。
骨肿瘤基因变异药物治疗数据库交互信息数据库数据库肿瘤基因解读种骨存储文献信息数据库临床试验信息交互系统数据量批准

[发明专利]一种转基因作物溯源系统和方法-CN201611113820.7在审
发明人：李鑫星;姚久彬;张领先;黄昆仑;许文涛;田文莹;严谨;杨菡;冀际安;郭蕾 -专利权人：中国农业大学
申请日： 2016-12-06 - 公布日： 2017-04-26 - 主分类号： G06Q10/08 文献下载
摘要：本发明提供一种转基因作物的溯源系统和方法，包括生产模块，设置在生产基地中，所述生产模块用于记录转基因作物的生产信息；库存模块，设置在仓库中，所述仓库模块用于记录转基因作物的储存信息；以及供应模块，与所述生产模块和库存模块连接，基于所述生产信息和储存信息生成追溯码。本发明针对转基因作物的生产过程中缺乏管理、公开不充分的现状，通过在转基因作物生产和储存过程中详细记录相关信息，并构成由数字码和文字码构成的追溯码，方便公众了解转基因作物的生产情况。
一种转基因作物溯源系统方法