[发明专利]一种基于k-mer定位的三代序列比对算法在审
| 申请号： | 202211653043.0 | 申请日： | 2022-12-21 |
| 公开（公告）号： | CN116130001A | 公开（公告）日： | 2023-05-16 |
| 发明（设计）人： | 卫泽刚 | 申请（专利权）人： | 宝鸡文理学院 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00;G16B50/30;G16B40/00 |
| 代理公司： | 北京天盾知识产权代理有限公司 11421 | 代理人： | 刘桐 |
| 地址： | 721016 陕*** | 国省代码： | 陕西;61 |
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| 摘要： | 本发明提供了一种基于k‑mer定位的三代序列比对算法。首先利用哈希表构建基因组序列的k‑mer位置文库；然后根据待比对序列的每个k‑mer，通过哈希函数转换，可方便快速查找待比对序列的k‑mer在基因组中的所有位置；对待比对序列的每个k‑mer进行打分，用来衡量作为比对起始位置的可信度，得到每个k‑mer的得分值后，选取得分值最大的k‑mer即可快速找到每条待比对序列在基因组中的比对起始位置；比对起始位置可将序列和基因组划分为上游序列对和下游序列对，采用列降维带状打分分别对上游序列对和下游序列对进行比对，可避免传统带状比对的大规模矩阵存储问题，降低比对阶段的内存消耗；最后合并上有序列对和下游序列对的比对结果，得到最终的序列比对结果。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基于 mer 定位 序列 算法 | ||
【主权项】：
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