[发明专利]测序算法在审
| 申请号： | 201980067627.X | 申请日： | 2019-08-12 |
| 公开（公告）号： | CN113015813A | 公开（公告）日： | 2021-06-22 |
| 发明（设计）人： | 迈克尔·伊梅尔福特;利·G·莫纳罕;乔伊斯·多;凯瑟琳·M·伯克;艾伦·E·达尔林 | 申请（专利权）人： | 朗斯科技有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6806 | 分类号： | C12Q1/6806 |
| 代理公司： | 广州华进联合专利商标代理有限公司 44224 | 代理人： | 黄爱娇 |
| 地址： | 澳大利亚新南*** | 国省代码： | 暂无信息 |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 本发明涉及使用非突变序列读数和突变序列读数来确定至少一个靶模板核酸分子的序列的方法。本发明还涉及用于确定样品中至少一个靶模板核酸分子的序列的方法，该方法涉及控制或标准化样品中靶模板核酸分子的数目。本发明还涉及适于执行该方法的计算机程序，包括该计算机程序的计算机可读介质以及计算机实现的方法。 | ||
| 搜索关键词： | 算法 | ||
【主权项】：
暂无信息
下载完整专利技术内容需要扣除积分，VIP会员可以免费下载。
该专利技术资料仅供研究查看技术是否侵权等信息，商用须获得专利权人授权。该专利全部权利属于朗斯科技有限公司，未经朗斯科技有限公司许可，擅自商用是侵权行为。如果您想购买此专利、获得商业授权和技术合作，请联系【客服】
本文链接：http://www.vipzhuanli.com/patent/201980067627.X/，转载请声明来源钻瓜专利网。
- 同类专利
- 阻止测序期间核酸模板穿过纳米孔的结构-202180093944.6
- H·富兰克林;S·克鲁格兹;S·弗里德兰 - 豪夫迈·罗氏有限公司
- 2021-02-18 - 2023-10-27 - C12Q1/6806
- 本发明涉及形成用于使用基于纳米孔的方法进行测序的核酸模板，包括对照模板，其中本文所公开的新颖结构的模板被限制或阻止在测序期间穿入所述纳米孔中。
- 从多于一种核酸的样品制备双链DNA文库的无偏同步扩增方法-202280017096.5
- 许良才;萧逸颀;云翔 - 新加坡科技研究局
- 2022-02-24 - 2023-10-20 - C12Q1/6806
- 本发明涉及一种从多于一种类型的核酸的样品中制备双链DNA文库的无偏且同时扩增的方法。该方法包括提供单链和/或双链DNA和/或RNA作为模板；通过将第一DNA链生成引物与模板粘合来制备第一DNA链，所述第一DNA链生成引物包括(i)第一衔接子序列，随后是多聚胸苷序列、随机核苷酸V和随机核苷酸N，和(ii)第一衔接子序列，其后是联合或独立选自B、D、H或V的六个随机核苷酸；通过将第二DNA链生成引物与第一DNA链粘合来制备第二DNA链，所述第二DNA链生成引物包含第二衔接子序列，随后是联合或独立选自B、D、H或V并从其延伸的八个重复随机核苷酸；通过聚合酶链式反应扩增第二条DNA链。
- 循环转录因子分析-202180094755.0
- J·V·米卡莱夫;M·E·埃克莱斯顿;D·F·F·帕玛尔特;M·赫尔佐格 - 比利时意志有限责任公司
- 2021-12-29 - 2023-10-20 - C12Q1/6806
- 本发明涉及通过用于检测循环染色质片段的微创体液测试来检测受试者中的疾病的方法，所述染色质片段包括转录因子和缔合DNA序列作为受试者中疾病存在的指示物，例如癌症。所述方法可以包括对缔合DNA序列测序和/或从体液去除无细胞核小体。
- 用于样本至结果PCR分析的具有流体通道几何形状的装置及其使用方法-202180085884.3
- 卡比尔·山名;迈克尔·尼尔森 - 富默乐国际控股有限公司
- 2021-10-19 - 2023-10-13 - C12Q1/6806
- 公开了用于实时qPCR系统中的芯片的各种实施方案。所述芯片可以包括至少一个用于将样本接收到所述芯片中的端口；与所述至少一个端口流体连通的至少一个通道；设置在所述至少一个通道内的多个磁激活珠子，所述磁激活珠子在所述样本通过所述至少一个通道时从所述样本捕获DNA/RNA；以及光学检查区域，其与所述至少一个通道流体连通，用于对包含先前捕获在所述磁性珠子上的洗脱的DNA/RNA的样本进行光学分析。
- 确定DNA文库的数量和质量-202180093932.3
- A·霍夫曼;C·格鲁玛兹;K·勒慕斯 - 罗伯特·博世有限公司
- 2021-12-07 - 2023-10-10 - C12Q1/6806
- 描述了用于检测DNA文库中的衔接子二聚体(3)的衔接子二聚体特异性探针(33)，其中所述探针(33)具有标记，特别是荧光团(35)，并且被设计成特异性结合到第一衔接子分子(2a)的第一衔接子核苷酸序列和结合到第二衔接子分子(2b)的第二衔接子核苷酸序列。
- 染色质占据和RNA的单细胞分析测序-202180089986.2
- 赵可吉 - 美国政府卫生与公众服务部
- 2021-11-10 - 2023-09-29 - C12Q1/6806
- 用于在同一单细胞中同时测定和鉴定染色质占据和转录组两者的组合物和方法。
- 转座体结合珠粒上的长带索引连接的读段生成-202280012982.9
- 莉娜·克里斯蒂安森;弗兰克·J·斯蒂默斯;加里·施罗特;杰鲁沙·托马斯;德米特里·K·波克洛克 - ILLUMINA公司
- 2022-02-03 - 2023-09-29 - C12Q1/6806
- 本文提供了系统、方法和组合物的实施方案，这些实施方案涉及珠粒上标签片段化和液滴加索引。一些实施方案包括对分配的珠粒执行共测定，这些共测定包括核酸测序、带索引的PCR、制备核酸文库、确定甲基化状态、鉴定基因组变体、或蛋白质分析。
- 用于核酸中的甲基化的碱基水平检测的方法-202280013794.8
- F·贝格曼;S·S·常;P·克里萨利;A·德比尔;D·海因德尔;O·卡克斯胡尔;D·L·彭克勒;J-A·彭克勒;M·拉尼克;M·塔英 - 豪夫迈·罗氏有限公司;卡帕生物系统公司
- 2022-02-08 - 2023-09-26 - C12Q1/6806
- 本发明包括用于检测核酸中的甲基化的改进方法和组合物。特别地，本公开涉及将5‑羟甲基胞嘧啶(5hmC)和/或5‑甲基胞嘧啶(5mC)转化为胸腺嘧啶(T)的方法。此外，本公开还涉及检测样品中的5hmC和/或5mC的方法。
- 用于检测基因变异的靶向定序方法及套组-202180057037.6
- 赖仪瑄;陈钰凌;徐安;林佩颐;陈华键;陈淑贞 - 行动基因（智财）有限公司
- 2021-11-02 - 2023-09-12 - C12Q1/6806
- 本发明提供一种用于测定基因变异(例如基因融合)的方法。本发明也提供一种用于测定基因变异的套组。本发明还提供一种用于治疗个体的方法，其借由测定个体是否有特定癌症类型或基因型的风险并施用合适的治疗。
- 采用多联体的分析物检测方法-202180087675.2
- G·N·肯德鲁;J·布罗贝里;M·伦德贝里;S·亨里克松 - 欧凌科蛋白质公司
- 2021-11-24 - 2023-09-12 - C12Q1/6806
- 本公开和发明提供了一种检测来自多个池的DNA序列的方法。在所述方法中，合并所述池，通过以预定义顺序将来自每个池的单个DNA分子连接在一起来生成DNA多联体，并且接着对所述多联体进行测序。通过对每个多联体进行测序，检测到多个DNA序列，并且可以根据检测到的每个DNA序列在所述多联体中的位置将其分配给其来源池。所述方法从而能够特异性检测来自多个池中的每一个的DNA序列。还提供了一种适用于进行所述方法的试剂盒。
- 用于一组个体的即时检测-202180089635.1
- 哈里斯特弗·图马佐 - 基因动力公司
- 2021-11-09 - 2023-09-08 - C12Q1/6806
- 本发明涉及利用混检样品优化快速免实验室即时检测的效率和效用。本发明可尤其但不限于应用于SARS‑CoV‑2检测。
- 使用加有锇标签的互补探针进行阿托摩尔DNA/RNA寡核苷酸检测的即用型纳米孔平台-202080107691.9
- 阿纳斯塔西娅·卡纳瓦利奥蒂 - 阿纳斯塔西娅·卡纳瓦利奥蒂
- 2020-10-05 - 2023-09-05 - C12Q1/6806
- 本文提供了一种用于检测生物样品中核酸靶分子的存在的方法。在某些方面，所述方法包括接触测试样品，所述测试样品包含(i)生物样品，其包含核酸靶分子，和(ii)锇化单链寡核苷酸探针，其包含至少一个与取代或未取代的四氧化锇(OsO
- 用于快速多路复用样品处理的系统和方法及其核酸扩增试验的应用-202180083490.4
- K·汉迪克;R·雷伯弗斯基 - 生物辐射实验室股份有限公司
- 2021-10-12 - 2023-08-22 - C12Q1/6806
- 本发明涵盖一种用于以多路复用且快速的方式进行目标检测的系统和方法。该系统的实施例可包括：基底；以及限定在基底的宽阔表面处的样品处理区的阵列，其中该样品处理区的阵列中的每一个包括：在每个相应的样品处理区的上游端与下游端之间按体积容量以梯度方式布置的一组微孔子阵列、以及将每个相应的样品处理区与相邻的样品处理区分开的边界。对于样品中的多种目标物质，该系统能够支持用于返回来自样品处理区的微孔子集的初步结果以及返回关于特异性扩增和非特异性扩增的结果的方法，该方法的示例可通过自动化平台实施。
- 高表达的蛋白和低表达的蛋白的谱分析-202180078237.X
- 辛西娅·萨科夫斯基;凯瑟琳·拉扎鲁克;玛格丽特·纳卡莫托;戴文·约瑟夫·延森 - 贝克顿迪金森公司
- 2021-11-19 - 2023-08-22 - C12Q1/6806
- 本文的公开内容包括用于确定高表达的蛋白和低表达的蛋白的表达的系统、方法、组合物和试剂盒。在一些实施方案中，提供了允许产生用于丰富的AbSeq蛋白谱分析寡核苷酸和稀少的AbSeq蛋白谱分析寡核苷酸的单独文库的引物。
- DEXTRAMER在单细胞分析中的使用-202180078244.X
- 辛西娅·萨科夫斯基;凯瑟琳·拉扎鲁克;玛格丽特·纳卡莫托;戴文·约瑟夫·延森;基文·达尔·雅各布森 - 贝克顿迪金森公司;伊缪德克斯私人有限责任公司
- 2021-11-19 - 2023-08-18 - C12Q1/6806
- 本文的公开内容包括适于在单细胞分析中使用dextramer的系统、方法、组合物和试剂盒。在一些实施方案中，使用一种或更多种允许产生蛋白(例如，抗体)和dextramer的单独文库的引物。
- 核酸修饰试剂和其用途-202180073736.X
- C·史;N·费雷尔;M·斯库里亚;S·蒙达尔;S·果艾利;T·柯克兰德;J·J·卡利;P·梅森海默 - 普罗美加公司
- 2021-09-01 - 2023-08-15 - C12Q1/6806
- 本公开包括用于核酸扩增反应的化合物、组合物和方法。具体地说，本公开提供了用于活力PCR(vPCR)应用的化合物、组合物和方法，其中所述化合物选择性地结合于来自非活细胞的核酸。
- 用于选择治疗和确定预期治疗结果的基于树的模型-202180080996.X
- 利亚·科门特;乔瓦尼·帕米吉亚尼 - 基金会医学公司
- 2021-12-02 - 2023-08-08 - C12Q1/6806
- 本文描述了用于在治疗受试者时确定预期疾病治疗结果的方法和系统、用于为所述受试者选择治疗选项的方法和设备以及针对疾病对受试者进行治疗的方法。所述方法可以包括：接收针对受试者的多个受试者特征；访问对应于针对所述疾病的治疗选项的基于树的模型，其中基于多个先前患者特征和针对对应治疗选项的相关联治疗结果来生成所述基于树的模型；以及如果所述受试者用所述对应治疗选项进行治疗，则从所述多个受试者特征和所述基于树的模型确定针对所述受试者的预期治疗结果。
- 用于制备基于扩增检测病原体的生物样品的提取溶液-202180079750.0
- M·弗拉内斯;N·霍赫斯坦;R·佩斯特;S·科尼利厄斯;T·辛格;K·斯坦纳特;K·特卡特 - 恰根有限公司
- 2021-10-06 - 2023-08-01 - C12Q1/6806
- 本发明提供了用于使用没有预先进行靶标纯化的粗制生物样品基于扩增检测靶核酸和病原体的方法和试剂盒。
- 用于保存DNA甲基化的组合物和方法-202180059892.0
- S·D·马科维茨;H·莫伊诺瓦;J·雷迪 - 卡斯西部储备大学
- 2021-05-26 - 2023-07-25 - C12Q1/6806
- 本公开提供储存溶液用于在一段时间内保存DNA甲基化模式的方法。本公开还提供使用在此类储存溶液中储存的甲基化DNA的方法。
- 用于肿瘤学诊断的无细胞核酸和单细胞组合分析-202180077286.1
- 斯蒂芬妮·莫蒂默 - 贝克顿迪金森公司
- 2021-11-16 - 2023-07-14 - C12Q1/6806
- 本文的公开内容包括用于外周血中的循环无细胞核酸和单细胞的组合分析的系统、方法、组合物和试剂盒。该方法可以包括从源自受试者的生物样品(例如血液样品)分离无细胞核酸(cfNA)、免疫细胞、白细胞和/或循环肿瘤细胞(CTC)。该方法可以包括进行高通量单细胞测序测定。该方法可以包括基于从所述测序测定产生的序列读段产生一种或更多种基因组特性、一种或更多种表达特性和/或一种或更多种变体特性的值。可以基于所述特性的值来产生癌症预测评分、MRD评分和/或治疗效力评分。本文提供的方法可以产生非侵入性基于血液的肿瘤学诊断中的改进的灵敏度和特异性。
- 用于使用酶促核酸延伸进行原位单细胞分析的组合物和方法-202180050660.9
- J·程;D·杜纳维;M·格雷戈里;J·郑;R·哈菲佐夫;D·金;E·佩里洛;T·雷恩;L·吴 - 纳米线科技公司
- 2021-06-17 - 2023-07-07 - C12Q1/6806
- 本公开部分基于用于在使用者限定的组织区域、使用者限定的细胞和/或使用者限定的细胞内亚细胞结构中同时、多重空间检测和定量蛋白和/或核酸表达的探针、组合物、方法和试剂盒。
- 用于处理遗传样本以确定特性或检测污染的方法及系统-202180072041.X
- 詹妮弗·杰利尔;马修·坎贝尔;史蒂夫·朗斯利;帕特里斯·利内尔 - ABS全球股份有限公司
- 2021-10-21 - 2023-06-30 - C12Q1/6806
- 用于处理来自麦管的精液样本，以确认遗传特性、测试样本的纯度、检测错误或污染、计算污染量，以及确定污染的特性的方法及系统。本文的方法可检测低水平的污染，例如约1％、2％等的污染。
- 多核苷酸阵列-202180061294.7
- A·克里布斯;M·菲尔波特;U·奥珀曼;小T·布朗;老T·布朗;J·F·沃森 - 牛津大学创新有限公司
- 2021-05-13 - 2023-06-30 - C12Q1/6806
- 本发明涉及微粒，其中多核苷酸在3'端连接到珠子上，并包括可断裂的连接物，以使多核苷酸与珠子分离并提供自由的3'羟基。还提供了多核苷酸的阵列、多个微粒、包含微粒的流体隔室、合成阵列的方法以及使用阵列生成文库的方法。
- 固定细胞的高通量分析-202180066326.2
- 周璟;亚纳基·阿查里雅 - 新格元生物科技有限公司
- 2021-07-29 - 2023-06-27 - C12Q1/6806
- 提供了用于固定单细胞的高通量RNA分析或测序分析的方法和系统。该方法和系统利用条形码微载体，所述条形码微载体包括用可切割接头连接到多个分子条形码上的小载体珠粒，其中这些条形码微载体然后在具有单个细胞的系统(例如，密封系统)中结合。然后将分子条形码从所述载体珠粒中释放出来，与细胞中的mRNA退火。使用逆转录，然后由mRNA产生条形码cDNA，并裂解或消化细胞以释放条形码cDNA进行测序。
- 核酸的序列特异性靶向转座和选择以及分选-202180057853.7
- 弗兰克·J·斯蒂莫斯;乔纳森·马克·布泰尔;皮特罗·加蒂拉法兰科尼;奥利弗·乔恩·米勒;艾玛·贝尔;塞巴斯蒂安·乔治·加布里埃尔·里科尔特;尼尔·安东尼·戈麦利;金·施耐德 - ILLUMINA公司;ILLUMINA剑桥有限公司
- 2021-08-17 - 2023-06-23 - C12Q1/6806
- 本文描述了可用于介导核酸的序列特异性靶向转座的多种不同类型的靶向转座体复合物。本文还描述了一种表征包含期望样品和不需要的样品两者的样品混合池中的期望样品的方法，该方法包括：从双链核酸产生测序数据，首先对包含来自混合池的多个核酸样品的文库进行测序，其中每个核酸文库包含来自单个样品的核酸和独特样品条形码以将来自该单个样品的核酸与来自该文库中其他样品的核酸区分开；分析该测序数据并鉴定与来自期望样品的测序数据相关联的独特样品条形码；对该文库进行选择步骤，包括从期望样品富集核酸样品以及/或者从不需要的样品耗尽核酸样品；以及对该核酸文库进行重新测序。
- 用于空间分析的去交联化合物和使用方法-202080105752.8
- J·M·彻尔;J·德莱尼;R·斯帕林斯卡斯;A·尤里克;M·詹德拉 - 10X基因组学有限公司
- 2020-12-22 - 2023-06-23 - C12Q1/6806
- 本文提供了用于对被固定的生物样品(例如，包含缩醛胺交联的被固定生物样品)去交联的方法。所公开的组合物和方法可以对来自被固定的生物样品(例如，具有缩醛胺交联的被固定生物样品)的寡核苷酸(例如，DNA或RNA)或蛋白质去交联，其中所述去交联的生物样品与空间基因表达分析相容并可以用于空间基因表达分析中。
- 链接的双条形码插入构建-202080105836.1
- A·巴希尔;M·伯恩德尔;A·帕夫洛斯基;J·金 - 谷歌有限责任公司
- 2020-10-01 - 2023-06-23 - C12Q1/6806
- 当代基因测序技术，包括“下一代测序”技术，可以包括对靶多核苷酸的多个片段进行测序。然而，现有测序技术的局限性，以及天然多核苷酸的经常重复或以其他方式难以测序的结构，意味着生成准确的序列可能是困难的和/或昂贵的。本文提供的方法包括在其它测序过程之前，将双多核苷酸“条形码”与相邻引物序列一起插入到靶多核苷酸中。这些被插入的条形码可以通过向靶中添加“噪声”来提高为靶生成的序列的准确性，从而允许后续的测序技术(例如，对齐、缝合等)更准确地估计“靶加条形码”序列。引物可以使片段在靶内对应于其他序列开端的点开始，便于将序列末端缝合在一起。然后可以去除条形码以提供靶多核苷酸的序列。
- 样品汇集与处理的方法和系统-202180071185.3
- K·高 - K·高
- 2021-10-21 - 2023-06-23 - C12Q1/6806
- 本公开文本包括但不限于用于将多个样品汇集或合并在一起的方法和系统。具体地，本公开文本涉及在以如下方式合并样品的方法和系统中汇集和合并样品，所述方式允许以与分析/检测来自所述汇集物的单个样品的靶标相似的灵敏度和特异性分析/检测所述汇集样品中的靶标。特别地，在一些实施方案中，本文的方法避免了通常使用的样品汇集方法中发现的稀释效应，稀释效应可能会降低方法的灵敏度并且限制能够汇集的样品的数量。在一些实施方案中，本文的方法包括将所述汇集物解卷积至单个样品的方法。本文的方法可适用于产生汇集/合并样品并测试其靶分子，以及将汇集样品解卷积以鉴定汇集物中含有所述靶标的单个样品。还描述了用于进行所述方法的系统，所述方法在一些实施方案中包括部分或完全自动化的方法。
- 使用发夹衔接子从测序文库中富集靶序列的方法-202180051665.3
- A·斯拉特 - 伊鲁米纳剑桥有限公司
- 2021-09-10 - 2023-06-23 - C12Q1/6806
- 本文公开了一种用于富集包含双链核酸片段的测序文库的方法，所述方法包括制备在所述双链片段的末端具有一个或多个衔接子的双链片段文库；使所述双链片段变性以形成单链片段；并且使与所述双链片段文库中至少一种插入片段的靶序列结合但不与非靶序列结合的延伸引物杂交。在一个实施方案中，所述衔接子是发夹衔接子，并且使用具有5'至3'核酸外切酶活性的聚合酶从所述延伸引物的延伸去除与扩增引物序列至少部分互补的所述发夹衔接子的序列的全部或部分。
- 人血细胞的选择性裂解-202180053535.3
- R·杜阿;S·杜根尼;X·张 - 豪夫迈·罗氏有限公司
- 2021-12-23 - 2023-06-09 - C12Q1/6806
- 本发明涉及用于通过在含有非离子型洗涤剂的pH为约9的缓冲剂中孵育含有微生物诸如细菌和真菌的样品来特异性裂解所述样品中的真核细胞的方法。
- 专利分类
