[发明专利]鉴定基因组中的变异的定相和连接方法

摘要

长片段读出技术可以用于鉴定缺失并解析碱基识别，其通过利用读出与任意对应于单体型的杂合基因座(het)的读出的共享标签(例如，共享的等分试样)进行。例如，将基因座连接到多个het的单体型可以增加在所述基因座处的可用读出，用于确定特定单体型的碱基识别。对于半合子缺失，可以将某个区域连接到一个或多个het，并且特定单体型的标签可以用于鉴定区域中的哪些读出对应哪个单体型。以这种方式，由于可以鉴定特定单体型的读出，可以确定半合子缺失。此外，可以使用脉冲的定相率鉴定大缺失。可以在定相率足够低的情况下鉴定缺失，并可以使用其它标准。

主权项

1.一种通过分析自生物体获得的样品来检测生物体的基因组中的半合子缺失的方法，所述方法包括：从所述生物体的多个核酸分子的测序接收序列数据，其中对于所述多个核酸分子的每一个的序列数据包括：所述核酸分子的至少一部分的一个或多个序列读出，和对应所述一个或多个序列读出的标签，所述标签指示所述核酸分子的来源；对于所述多个核酸分子的每一个：通过计算机系统，将所述核酸分子的至少一个序列读出定位到参考基因组；通过计算机系统，鉴定一个或多个连接到第一区域的het，其中每个het具有对应第一单体型的第一等位基因和对应第二单体型的第二等位基因；通过计算机系统，鉴定第一组共享的标签，每个共享的标签对应：定位到所述参考基因组的第一区域的一个或多个序列读出，和定位到一个或多个连接到第一区域的het之一并包括对应的第一等位基因的至少一个序列读出；确定第一量的序列读出，其对应共享的标签并定位到第一区域；标准化所述第一量以获得标准化的第一量；和将所述标准化的第一量与第一截留值比较以确定所述第一单体型在第一区域中是否包括缺失。