[发明专利]基于细菌脂肪酸合成途径中多靶点的抗菌剂虚拟筛选方法在审
| 申请号： | 201810699581.0 | 申请日： | 2018-06-29 |
| 公开（公告）号： | CN109063414A | 公开（公告）日： | 2018-12-21 |
| 发明（设计）人： | 卢俊瑞;刘悦;卢博为;谢志强 | 申请（专利权）人： | 天津理工大学 |
| 主分类号： | G06F19/16 | 分类号： | G06F19/16 |
| 代理公司： | 天津市三利专利商标代理有限公司 12107 | 代理人： | 李蕊 |
| 地址： | 300384 天津市*** | 国省代码： | 天津;12 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种基于细菌脂肪酸合成途径中多靶点的抗菌剂虚拟筛选方法。包括以下步骤：(1)获取细菌脂肪酸合成途径中多个靶点的三维结构；(2)对各靶点进行前期处理和优化，并确定其活性中心，设定活性口袋；(3)选取并整理用于筛选的小分子；(4)依据设定的活性口袋，采用两种分子对接软件，将小分子与靶点依次对接，并进行一致性打分；(5)以各靶点相应抑制剂的对接一致性评分为阳性参照，筛选各靶点可能的抑制剂(化合物)；(6)运用分子动力学模拟，研究代表化合物与各靶点间的作用模式。本发明可以揭示脂肪酸合成途径中不同靶点间的协同或组合作用规律。 | ||
| 搜索关键词： | 靶点 脂肪酸合成途径 筛选 细菌 活性口袋 多靶点 抗菌剂 小分子 抑制剂 虚拟 分子动力学模拟 分子对接软件 活性中心 前期处理 三维结构 组合作用 作用模式 协同 优化 研究 | ||
【主权项】：
1.一种基于细菌脂肪酸合成途径中多靶点的抗菌剂虚拟筛选方法，其特征在于：具体步骤如下：(1)获取FASⅡ体系多个酶(靶点)的三维结构；(2)对各靶点进行前期处理和优化，并确定其活性中心，设定活性口袋；(3)选取小分子化合物库，或根据需求自行构建；(4)依据设定的活性口袋，使用Autodock和Vina两种分子对接软件，将小分子化合物与各靶点进行对接，并进行一致性打分；(5)以各靶点相应抑制剂的一致性打分作为阳性参照，筛选出各靶点的抑制剂；(6)选取代表化合物，运用分子动力学软件Gromacs对靶点‑小分子体系进行分子动力学模拟，以得到小分子与靶点间的结合模式。
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