[发明专利]一种基因序列比对方法、PE配置控制器及可读存储介质有效
| 申请号： | 201810581126.0 | 申请日： | 2018-06-07 |
| 公开（公告）号： | CN108875301B | 公开（公告）日： | 2021-10-22 |
| 发明（设计）人： | 赵健;崔星辰;尹云峰 | 申请（专利权）人： | 郑州云海信息技术有限公司 |
| 主分类号： | G16B30/10 | 分类号： | G16B30/10 |
| 代理公司： | 北京集佳知识产权代理有限公司 11227 | 代理人： | 罗满 |
| 地址： | 450018 河南省郑州市*** | 国省代码： | 河南;41 |
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| 摘要： | 本发明实施例公开了一种基因序列比对方法、PE配置控制器及计算机可读存储介质。其中，方法包括选取PE阵列中数量值与第一碱基序列、第二碱基序列和第三碱基序列的长度值分别相同的目标PE阵列，并根据第一碱基序列的长度值为第二类目标PE阵列和第三类目标PE阵列设置多路选择器的节点位置；依次比较当前种子序列的待扩展长度值和第一碱基序列、第二碱基序列和第三碱基序列之间的长度值大小关系，将当前种子序列发送至满足长度差值条件的目标PE阵列中进行扩展。本申请通过设置可变逻辑长度和物理长度的脉动阵列，根据种子序列的待扩展长度值选择PE数量合适的目标PE阵列进行扩展，提高了FPGA的资源利用率，提升了Smith‑Waterman序列比对算法打分阶段的处理性能。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 基因 序列 方法 pe 配置 控制器 可读 存储 介质 | ||
【主权项】：
1.一种基因序列比对方法，其特征在于，基于FPGA板卡，包括：获取待测基因，所述待测基因包括第一碱基序列、第二碱基序列和第三碱基序列，且所述第二碱基序列的长度值大于所述第一碱基序列的长度值，小于所述第三碱基序列的长度值；选取PE阵列中数量值与第一碱基序列、第二碱基序列和第三碱基序列的长度值分别相同的目标PE阵列，并根据所述第一碱基序列的长度值为第二类目标PE阵列和第三类目标PE阵列设置多路选择器的节点位置；依次比较当前种子序列的待扩展长度值和第一碱基序列、第二碱基序列和第三碱基序列之间的长度值大小关系，将所述当前种子序列发送至满足长度差值条件的目标PE阵列中进行扩展；其中，第一类目标PE阵列中的PE数量值与所述第一碱基序列的长度值相同；所述第二类目标PE阵列中的PE数量值与所述第二碱基序列的长度值相同；所述第三类目标PE阵列中的PE数量值与所述第三碱基序列的长度值相同。
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