[发明专利]一种检测肿瘤单细胞基因组拷贝数变异的方法

摘要

本发明公布了一种检测肿瘤单细胞基因组拷贝数变异的方法。对肿瘤单细胞以及多个正常组织单细胞分别进行基因组测序，与参考基因组比对，划分窗口和标准化窗口数据；通过正常单细胞对照作为去除系统性偏差的标准，获得肿瘤单细胞所有区间的基因组拷贝数。本发明方法消除了不同单细胞扩增技术引入的一些特定的系统偏差，提高肿瘤单细胞基因组拷贝数变异检测的精确度，对检测拷贝数异常相关的驱动事件以及解读肿瘤基因组演化信息有着重要的意义。

主权项

1.一种检测肿瘤单细胞基因组拷贝数变异的方法，包括以下步骤：1)对肿瘤单细胞以及多个正常组织单细胞分别进行基因组测序，其中所述正常组织单细胞中一定包含男性样本单细胞；2)将测序获得的基因组序列与参考基因组比对，根据染色体坐标顺序对比对结果进行排序，并去除PCR形成的重复序列；3)根据参考基因组将步骤2)处理后的基因组划分为固定长度的窗口，且窗口滑动步长与窗口长度一致，统计每个窗口内落到相应区间内的序列数量；并统计所有窗口内序列总和，以之乘以一定系数作为分母标准化每个窗口内序列读数；4)取多个正常组织单细胞经过步骤1)至3)获得的数据，其中男性样本单细胞的X和Y染色体读数均乘2，而女性Y染色体噪音读数清零，计算每个区间内的读数中值，获得包含全基因组每一条染色体的单倍体全局标准曲线；5)去除肿瘤单细胞系统性偏差：根据步骤4)获得的标准曲线对经过步骤1)至3)获得的肿瘤单细胞数据进行修正，去除系统性偏差；6)对去除系统性偏差后的肿瘤单细胞数据进行平滑处理，确定相应区间拷贝数数值。