[发明专利]通过母亲血浆DNA的浅深度测序准确定量胎儿DNA分数

摘要

本发明的实施例提供用于在不使用父亲或胎儿基因型的情况下推断母亲血浆中的胎儿DNA分数的方法、系统和装置。母亲基因型信息可以从仅有母亲DNA的样品获得，或者可以根据对兼有母亲和胎儿DNA分子的生物样品的浅深度测序而假定。因为测序可处于浅深度，所以即使存在非母亲等位基因，基因座可以仅有很少的读取，并且可以无法显示非母亲等位基因。然而，表征经测序的非母亲等位基因的归一化参数可用于提供对胎儿DNA分数的精确估计，即使非母亲等位基因的量是错误的。本文所述的方法可不需要对特定区域进行高深度测序或富集。因此，这些方法可以纳入到广泛使用的无创产前检测和其它诊断中。

主权项

1.测量怀有胎儿的女性的生物样品中胎儿DNA分数的方法，所述生物样品包括母亲DNA分子和胎儿DNA分子，所述方法包括通过计算机系统执行以下步骤：基于序列信息鉴定多个位点，所述序列信息表明所述女性就所述多个位点的每个位点处的第一等位基因而言是纯合的；由所述生物样品的DNA分子获得多个读取；鉴定所述多个读取在参照基因组中的位置；基于所述多个读取确定第一组DNA分子的第一值，其中：所述第一组DNA分子中的每个DNA分子包括位于所述多个位点的位点处的读取，并且在所述位点处显示与所述第一等位基因不同的第二等位基因，以及所述第一值定义所述第一组DNA分子的特性；确定第二组DNA分子的第二值，其中：所述第二组DNA分子中的每个DNA分子包括位于所述多个位点的位点处的读取，并在所述位点处显示所述第一等位基因，以及所述第二值定义所述第二组DNA分子的特性；由所述第一值和所述第二值确定参数的参数值；将所述参数值与使用具有已知胎儿DNA分数的至少一个其它样品确定的校准点和对应于所述至少一个其它样品中的所述参数的单独测量值的校准值进行比较；以及基于所述比较计算所述胎儿DNA分数。