[发明专利]一种二代序列的短序列纠错的方法和装置有效
| 申请号： | 201611138690.2 | 申请日： | 2016-12-12 |
| 公开（公告）号： | CN108614954B | 公开（公告）日： | 2020-07-28 |
| 发明（设计）人： | 邓天全;高强;盛琴;陈世璇;杨林峰 | 申请（专利权）人： | 深圳华大基因科技服务有限公司 |
| 主分类号： | G16B40/20 | 分类号： | G16B40/20;G16B30/00 |
| 代理公司： | 深圳鼎合诚知识产权代理有限公司 44281 | 代理人： | 孙银行;彭家恩 |
| 地址： | 518083 广东省深圳市*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种二代序列的短序列纠错的方法和装置，该方法包括：获取二代序列的K‑mer序列；对K‑mer序列进行分类；统计K‑mer序列的频数；筛选并获得低于预定频数的K‑mer序列；用预定频数的K‑mer序列对二代序列进行纠错；其中，纠错包括：将预定频数的K‑mer序列比对回二代序列，若比对上，则从该K‑mer头尾两端对应在二代序列上的位置将二代序列截断；保留截断后的长度大于预定长度的序列，舍弃截断后的长度小于预定长度的序列。本发明能够大大降低二代序列基于德布鲁因组装所需要的内存峰值，从而能够降低基因组组装的难度。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 二代 序列 纠错 方法 装置 | ||
【主权项】：
1.一种二代序列的短序列纠错的方法，其特征在于，所述方法包括：获取二代序列的K‑mer序列；对所述K‑mer序列进行分类，得到多个分类文件；对每个所述分类文件，统计所述K‑mer序列的频数；筛选并获得低于预定频数的K‑mer序列；用所述预定频数的K‑mer序列对所述二代序列进行纠错；其中，所述纠错包括：将所述预定频数的K‑mer序列比对回所述二代序列，若比对上，则从该K‑mer头尾两端对应在所述二代序列上的位置将所述二代序列截断；保留截断后的长度大于预定长度的序列，舍弃截断后的长度小于所述预定长度的序列。
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