[发明专利]一种棉铃虫甾醇载体蛋白2抑制剂及其虚拟筛选方法

摘要

本发明属于农业生物技术领域，涉及一类甾醇载体蛋白2（SCP‑2）小分子抑制剂虚拟筛选方法的建立。本方法根据棉铃虫甾醇载体蛋白2（SCP‑2）的结构数据，分析关键氨基酸残基，确定结合口袋；再利用分子对接软件筛选打分并计算结合自由能；对所得的化合物结构聚类及视觉分析，得到一类针对SCP‑2蛋白的小分子抑制剂，可用于针对鳞翅目为主的多种农业害虫的新型绿色农药的筛选和研发。

主权项

1.一种棉铃虫甾醇载体蛋白2抑制剂的虚拟筛选方法，其特征在于：该方法包括如下步骤：（1）获取棉铃虫SCP‑2蛋白的PDB数据文件和小分子化合物；（2）确定活性中心，分析关键氨基酸残基，设定Grid参数，所述的关键氨基酸残基为Y51、F53、F89、L99、F110、T128；（3）根据步骤（2）设定的Grid参数，使用分子对接软件将胆固醇与SCP‑2对接并进行动力学模拟，验证对接方法的可靠性；（4）对小分子化合物库中小分子进行对接打分，所述的对接打分方法为：利用AutoDock Vina对接软件对MayBridge数据库中小分子精确对接，通过构象搜索和均方根方差，选取结合自由能低于‑11.0 kcal/mol的小分子抑制剂；（5）根据打分排名、结构相似性和对接构象，确定作为先导物的小分子抑制剂，所述先导物的小分子抑制剂为N2,N7‑二(1‑萘基)‑9氢‑2,7‑二磺酰胺芴和N2,N7‑二(1‑萘基)‑9‑氧‑9氢‑2,7‑二磺酰胺芴；（6）以步骤（5）中化合物基本结构进行基于结构的相似性搜索，对得到化合物再次按步骤（4）、（5）进行对接及后期分析，所述的相似性搜索方法为：利用EDULISS中UFSRAT搜索功能以及ZINC结构相似搜索。