[发明专利]一种寻找基因组中锌指蛋白靶标位点的方法

摘要

本发明公开了一种寻找基因组中锌指蛋白靶标位点的新方法。本发明首先将能与锌指蛋白结合且结合率大于2的所有9个核苷酸序列建成一个库，然后设计一个程序在基因组中寻找在双链中间隔一段距离存在的一对与库中对应的9个核苷酸序列，即得到相应的锌指蛋白靶标位点。与传统方法相比，以此方法构建的锌指蛋白不需要检测筛选就可直接应用，这样大大简化实验程序，节约成本，提高效率。

主权项

1.一种寻找基因组中锌指蛋白靶标位点的方法，其特征在于，包括如下步骤：S1.将能与锌指蛋白结合且结合率大于2的所有9个核苷酸序列建成一个库；S2.设计软件程序，利用该程序在目标基因组的双链中寻找每隔一段距离存在的与步骤S1所述库中对应的9个核苷酸序列匹配的位点，即得到相应的锌指蛋白靶标位点；所述软件程序包括用户输入模块、序列载入和转换模块、数据处理模块、靶标搜索模块、搜索时间进度模块、结果输出模块；具体步骤如下：1）编写步骤S2所述的软件程序，提示用户输入相关数据；2）收集能与9个核苷酸序列结合且结合率大于2的所有锌指蛋白基因信息，建成由相应的9个核苷酸序列所组成的库；3）将步骤2）所述的库分别命名为正向和反向motif并储存；4）储存待寻找锌指蛋白靶标位点的带有fasta格式的基因组或部分序列的文件；5）规定锌指蛋白靶标位点的正向和反向motif之间的碱基距离数；6）从motif文件中提取正向和反向motif，并将反向motif做反向互补处理；7）分别从正向和反向motif中剔除重复的motif，生成正向和反向motif的所有组合，并确保两个motif之间的碱基数目与用户设定的间距一致；8）运行perl子程序Motif_finder，它会调用bioperl模块，从用户输入的fasta序列中搜索以上生成的所有motif组合；9）根据motif组合数目，调用Tk模块生成搜索进度条；10）输出motif搜索结果到文件。