[发明专利]一种蛋白质侧链预测方法及预测装置

摘要

本发明公开了一种蛋白质侧链预测方法及预测装置，方法包括a、选择目标蚁群数，初始化蚁群算法参数；b、初始化蛋白质侧链构象，建立蛋白质侧链构象与侧链旋转异构体库的映射关系；c、目标群随机选取所述蛋白质残基的优化顺序，在所述目标蚁群在信息素矩阵和启发值的指引下对蛋白质侧链进行重构，若循环偶数次，继续进行局部优化；利用能量函数对目标群中重构的侧链的蛋白质进行能量计算，选择当代能量最小的蛋白质构象，再与最好蛋白质构象进行比较，选择能量小的蛋白质更新最好蛋白质构象，并更新信息素矩阵；d、重复步骤c，直至满足终止条件，得到最优蛋白质侧链构象。

主权项

 一种蛋白质侧链预测方法，其特征在于，通过计算机完成以下步骤：(1)初始化蛋白质侧链构象作为起始的目标蛋白质构象，建立蛋白质侧链构象与侧链旋转异构体库F的映射关系，其中第i号残基对应的旋转异构体集合，标志为Fi；(2)基于蚁群算法对所述目标蛋白质侧链构象进行重构，包括：①设定目标蚁群数，初始化每个目标蚁群的蚁群算法参数，所述蚁群算法参数包括蚂蚁个数、最大循环次数、最优解保持代数、信息素矩阵τ和启发值η，其初始值分别为：蚂蚁个数为30～60的整数、最大循环次数为100～120的整数、最优解保持代数为15～20的整数、τ=η= E(M)/n，式中E是能量函数，M是蛋白质全原子构象，n是残基个数；②每一目标蚁群随机选取所述蛋白质残基的优化顺序，根据信息素矩阵τ和启发值η对蛋白质侧链进行重构，如果是偶数次循环优化，则继续进行局部优化；③对目标蚁群重构侧链的蛋白质进行能量计算，获得其中能量最小的蛋白质构象，再与目标蛋白质构象进行比较，选择能量小的蛋白质构象作为新的目标蛋白质构象，并更新信息素矩阵τ；④重复步骤②和③，直至达到最大循环次数或者满足最优解保持代数。