[发明专利]一种HPV DNA基因分型的方法及其试剂盒

摘要

本发明公开了一种HPV DNA基因分型的方法及其试剂盒。本发明所提供的方法可对46种HPV的DNA进行分型，具有操作简单，经济实用，快速高效，结合芯片毛细管电泳检测可高通量分析HPV DNA类型；在医学领域的应用中，结合现有的薄层液基细胞形态诊断，有助于宫颈癌的早期防治、预后及针对性基因疫苗的研制，因可检测多种型别和发现未知型别的特点尤其适用于研究HPV有关疾病如喉咽癌，头颈癌等的发病机制和流行病学的调查研究。

主权项

一种鉴定或辅助鉴定HPV DNA基因型的方法，包括如下步骤：1）取待测DNA，用引物组X进行PCR扩增，若扩增产物中存在449bp‑458bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有HPV DNA的DNA；若扩增产物中不存在449bp‑458bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为不含有HPV DNA的DNA；所述引物组X由上游引物和下游引物组成；所述上游引物由引物PGMY11‑A、PGMY11‑B、PGMY11‑C、PGMY11‑D和PGMY11‑E中的五种、任意四种、任意三种、任意两种或任一种组成；所述下游引物由引物PGMY09‑F、PGMY09‑G、PGMY09‑H、PGMY09‑I、PGMY09‑J、PGMY09‑K、PGMY09‑L、PGMY09‑M、PGMY09‑N、PGMY09‑P、PGMY09‑Q、PGMY09‑R和HMB01组成；所述引物PGMY11‑A、PGMY11‑B、PGMY11‑C、PGMY11‑D和PGMY11‑E分别为序列表序列1、2、3、4和5所示的单链DNA；所述引物PGMY09‑F、PGMY09‑G、PGMY09‑H、PGMY09‑I、PGMY09‑J、PGMY09‑K、PGMY09‑L、PGMY09‑M、PGMY09‑N、PGMY09‑P、PGMY09‑Q、PGMY09‑R和HMB01分别为序列表序列6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18所示的单链DNA；2）将步骤1）候选为含有HPV DNA的DNA经所述PCR扩增获得的所述449bp‑458bp的DNA片段用Rsa Ⅰ酶切，获得酶切产物a；A）若所述酶切产物a中存在135bp、125bp、85bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有18型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在138bp、125bp、117bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有54型HPV DNA的DNA；B）若所述酶切产物a中存在216bp、161bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有32型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在221bp、161bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有44型HPV DNA的DNA；C）若所述酶切产物a中存在365bp、72bp和18bp的DNA片段，或365bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有26、69和72型HPV DNA中至少一种的DNA；若所述酶切产物a中存在359bp、72bp和18bp的DNA片段，或359bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有62型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在365bp和90bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有40型HPV DNA的DNA；D）若所述酶切产物a中存在201bp、161bp和96bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有73型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在186bp、161bp、96bp和15bp的DNA片段，或186bp、161bp和96bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有34型HPV DNA的DNA；E）若所述酶切产物a中存在310bp和70bp—73bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有16、82、67和56型HPV DNA中至少一种的DNA；若所述酶切产物a中还存在49bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有56型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在310bp和142bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有84型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在338bp、72bp和48bp的DNA片段，或338bp和72bp的DNA片段则将所述待测DNA候选为含有45型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在332bp、72bp和45bp的DNA片段，或332bp和72bp的DNA片段则将所述待测DNA候选为含有43型HPV DNA的DNA；F）若所述酶切产物a中存在449—455bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有52、91、53、30、66、59和81型HPV DNA中至少一种的DNA；G）若所述酶切产物a中存在236bp、102bp、72bp和39bp的DNA片段，或236bp、102bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有33型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在242bp、135bp、72bp和26bp的DNA片段，或242bp、135bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有42型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在216bp、135bp、72bp和26bp的DNA片段，或216bp、135bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有11型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在231bp、123bp、72bp和29bp的DNA片段，或231bp、123bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有70型HPV DNA的DNA；H）若所述酶切产物a中存在380—383bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有31、85、89、51、87、83、71和86型HPV DNA中至少一种；I）若所述酶切产物a中存在171bp、161bp、72bp和42bp的DNA片段，或171bp、161bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有35型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在181bp、161bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有64型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在165bp、161bp、72bp和57bp的DNA片段，或165bp、161bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有55型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在185bp、180bp、72bp和18bp的DNA片段，或185bp、180bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有61型HPV DNA的DNA；J）若所述酶切产物a中存在260bp、123bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有39型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在260bp、85bp、72bp和38bp的DNA片段，或260bp、85bp和72bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有68型HPV DNA的DNA；K）若所述酶切产物a中存在161bp、149bp、72bp和67bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有6型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中存在175bp、135bp和73bp的DNA片段，则将所述待测DNA候选为含有13型HPV DNA的DNA；L)若所述酶切产物a中存在306bp、111bp和32bp的DNA片段,或存在306bp和111bp的DNA片段,则将所述待测DNA候选为含有58型HPV DNA的DNA；若所述酶切产物a中的DNA片段大小不符合上述A）—L）中任一种时，则将所述待测DNA候选为不含有所述6、11、13、16、18、26、30、31、32、33、34、35、39、40、42、43、44、45、51、52、53、54、55、56、58、59、61、62、64、66、67、68、69、70、71、72、73、81、82、83、84、85、86、89、87、91型HPV DNA中任一种的DNA；所述方法为非疾病诊断治疗方法。