[发明专利]一种用于扩增短链RNA的引物及其相关方法

摘要

一种用于短链RNA扩增的引物及其相关方法，该引物为一条寡核苷酸，其5`端一段核苷酸序列是固定的，形成一个核苷酸环和核苷酸茎的结构，其3`端连接6-8个核苷酸与成熟miR 3`端相互配对形成特异性互补结合，在核苷酸环的3`端含一段GC含量达70%以上长的核苷酸序列，称为通用探针区；由引物5`端第8-30位核苷酸组成通用反向引物区。本引物存在一个内部双链结构由于空间位阻的关系，不会与位于核苷酸链内部的特异性序列结合，该类序列不会发生反转录反应；只与3`末端特异性配对结合，特异性反转录。本发明的引物特异性高，不形成引物二聚体，设计简单，合成方便，适合短链RNA尤其是成熟miR的反转录。

主权项

一种用于扩增短链RNA的引物，其引物共4条，分别为茎环反转录引物、特异性正向引物、通用反向引物和通用探针，其特征是：茎环反转录引物由5段不同长度的寡核苷酸组成，3`端的6‑8bp组成第一区域与靶miR的3`端形成特异性互补，决定转录的特异性，第二区域（2）和第五区域（5）互补结合，形成引物内部双链结构，其Tm值应高于反转录最适温度2‑5℃，在反转录的过程中始终保持双链形式，靠近核苷酸环状结构5`端的第四区域（4）设为通用反向引物区，其Tm值接近特异性正向引物或略高于3‑10℃，靠近核苷酸环状结构3`端的第三区域（3）设为通用探针区，探针区的GC含量一般大于70%，保证探针的长度不超过20bp且Tm值高于特异性正向引物的Tm值3‑10℃，第三区域（3）与第四区域（4）之间应至少间隔3bp以上。