[发明专利]一种碱基选择性可控延伸的STR序列高通量检测方法及其检测试剂

摘要

本发明一种碱基选择性可控延伸的STR序列高通量检测方法及其检测试剂，将STR序列检测方法的基本原理与高通量DNA测序技术结合，提供了一种在高通量测序平台上运行的、对海量STR序列样本进行检测的方法以及相应的检测试剂。根据测序系统相应的文库制备方法，将待测样本的STR序列直接或间接固定在检测芯片上，按照检测的流程加入合适的检测试剂，并控制反应的条件，采用碱基选择性可控延伸的技术方案，检测样本所在的各个反应位点发出的荧光强度信号，最终，通过分析检测全过程中各个检测位点的荧光信号照片得到海量样本的检测结果。本发明的最大优点是极大提高了每次可检测的样本数量，从而大大降低了检测的成本以及耗费的时间。

主权项

一种碱基选择性可控延伸的STR序列高通量检测方法，其特征在于包括如下操作：（1）基因座的选取和扩增：根据不同的检测需要，选取相应数量的STR序列，作为检测对象；通过PCR技术，将上述选取的STR序列从人类DNA样本的相应基因座上扩增出来；（2）检测芯片上STR序列文库的制备：芯片的每一个反应位点上仅有唯一样本的同一种STR单链序列拷贝；上述STR单链序列拷贝可以直接固定于芯片的平面固体基片表面，也可以通过微小球体，间接地先将单链序列拷贝固定在微小球体的表面，然后再将固定完单链序列拷贝的微小球体固定于平面基片的表面；（3）STR核心序列重复次数的检测：在延伸反应进行之前，先要读取出芯片上每个反应位点上的STR序列所属的样本信息以及基因座信息，通过杂交的方法，将延伸起始引物和3’端封闭的延伸终止引物结合在检测芯片中反应位点的单链序列上；加入由延伸单体试剂、DNA聚合酶、延伸引物试剂、反应缓冲液、荧光剪切试剂、延伸恢复试剂、变性液构成的检测试剂，进行延伸反应；上述一次延伸反应完成后检测微阵列上点阵的荧光信号，然后将荧光剪切并恢复单体3’端的延伸活性；接着继续加入上述由四种核苷酸单体以及DNA聚合酶等构成的检测试剂，进行下一轮延伸反应，直到芯片上的所有反应位点均检测不出荧光信号为止；（4）荧光信号的分析：通过记录芯片上STR微阵列的各个反应位点检测到的荧光出现次数以及荧光强度，确定待检测基因座的STR核心序列的重复数；通过对同一反应位点在每次延伸反应结果中的荧光强度进行分析，判断该反应位点上连接的STR序列所在基因座是否具有两个不同的等位基因，并分析出两个等位基因STR序列各自的核心序列重复次数。