[发明专利]一种根据抗体物种分类预测蛋白质抗原空间表位的方法有效
| 申请号： | 201110412679.1 | 申请日： | 2011-12-12 |
| 公开（公告）号： | CN102521527A | 公开（公告）日： | 2012-06-27 |
| 发明（设计）人： | 曹志伟;孙静 | 申请（专利权）人： | 同济大学 |
| 主分类号： | G06F19/18 | 分类号： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 上海智信专利代理有限公司 31002 | 代理人： | 王洁 |
| 地址： | 200092 *** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | 本发明涉及一种根据抗体物种分类预测蛋白质抗原空间表位的方法，包括：(1)数据收集：按照抗体物种来源信息(如，鼠源，人源等)分类收集抗原-抗体结构数据，得到分类数据集；收集蛋白相互作用结合位点的描述性特征；(2)模型建立：对于收集到的分类数据集，计算上述描述性特征，根据类间差异建立针对结合不同物种来源抗体的抗原空间表位预测模型；(3)表位预测：根据需结合的抗体物种来源选择抗原空间表位预测模型，对未知表位的抗原进行潜在空间表位预测。本发明根据抗体物种分类预测蛋白质抗原空间表位，综合运用蛋白质中氨基酸理化性质和三维空间局部结构特征，设计巧妙，显著提高预测准确性，适于大规模推广应用。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 根据 抗体 物种 分类 预测 蛋白质 抗原 空间 方法 | ||
【主权项】：
一种根据抗体物种分类预测蛋白质抗原空间表位的方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)数据收集：按照抗体物种来源信息分类收集抗原‑抗体结构数据，得到分类数据集；收集蛋白相互作用结合位点的描述性特征；(2)模型建立：对于收集到的分类数据集，计算上述描述性特征，根据类间差异建立针对结合不同物种来源抗体的抗原空间表位预测模型；(3)表位预测：根据需结合的抗体物种来源选择抗原空间表位预测模型，对未知表位的抗原进行潜在空间表位预测。
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G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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