[发明专利]蛋白质三维结构的预测方法及预测装置有效
申请号: | 201010287704.3 | 申请日: | 2010-09-17 |
公开(公告)号: | CN102402649A | 公开(公告)日: | 2012-04-04 |
发明(设计)人: | 吕强 | 申请(专利权)人: | 苏州大学 |
主分类号: | G06F19/14 | 分类号: | G06F19/14 |
代理公司: | 北京集佳知识产权代理有限公司 11227 | 代理人: | 常亮;李辰 |
地址: | 215123 江苏省苏*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | 本发明提供了一种蛋白质三维结构的预测方法,包括:a、选择目标蚁群,初始化蚁群算法参数;b、初始化蛋白质构象,建立蛋白质构象与片段库的映射关系;c、以蛋白质构象上的任一位置为起点,目标蚁群在信息素的指引下进行优化,对优化后的蛋白质构象进行能量计算,选择能量最小的蛋白质构象;d、对能量最小的蛋白质构象进行局部优化,并进行能量计算,根据计算结果更新信息素矩阵,并将局部优化后的蛋白质构象的能量与能量最小的蛋白质构象的能量进行比较,选择能量小的蛋白质构象;e、重复步骤c~d,得到较优蛋白质构象;f、对较优蛋白质构象进行Loop重建,得到最优蛋白质构象。本发明还提供了一种蛋白质三维结构的预测装置。 | ||
搜索关键词: | 蛋白质 三维 结构 预测 方法 装置 | ||
【主权项】:
一种蛋白质三维结构的预测方法,包括:a、选择目标蚁群,初始化蚁群算法参数;b、初始化蛋白质构象,建立蛋白质构象与片段库的映射关系;c、以所述蛋白质构象上的任一位置为起点,所述目标蚁群在信息素的指引下对所述蛋白质构象进行优化,利用能量函数对优化后的蛋白质构象进行能量计算,选择能量最小的蛋白质构象;d、对所述能量最小的蛋白质构象进行局部优化,利用能量函数对局部优化后的蛋白质构象进行能量计算,根据所述计算结果更新信息素矩阵,并将所述局部优化后的蛋白质构象的能量与所述能量最小的蛋白质构象的能量进行比较,选择能量小的蛋白质构象;e、重复步骤c~d,直至满足终止条件,得到较优蛋白质构象;f、对所述较优蛋白质构象进行Loop重建,得到最优蛋白质构象。
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G06 计算;推算;计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学,即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真,例如:概率模型或动态模型,遗传基因管理网络,蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的,例如:进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的,例如:结构排序,结构或功能关系,蛋白质折叠,结构域拓扑,用结构数据的药靶,涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的,例如:基因型–表型关联,不均衡连接,种群遗传学,结合位置鉴定,变异发生,基因型或染色体组的注释,蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
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