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[发明专利]基质印迹和清除-CN202310675495.7在审
发明人：庄小威;J·R·莫菲特;J·G·郝;陆天 -专利权人：哈佛学院院长及董事
申请日： 2017-11-08 - 公布日： 2023-09-12 - 主分类号： C12Q1/6841 文献下载
摘要：本发明一般性涉及用于成像或测定例如细胞或组织内的核酸或其他所需靶标的系统和方法。在一个方面，将样品暴露于在样品中测定的多个核酸探针。但是，在一些情况下，背景荧光或脱靶结合可能使测定适当结合的核酸探针更加困难。因此，可以从样品中“清除”可能造成背景的样品的其他组分例如蛋白质、脂质和/或其他非靶标，以改善测定。然而，在某些实施方案中，可以例如使用样品中的聚合物或凝胶防止核酸或其他所需靶标也被清除。其他方面通常涉及包括此类系统的组合物或试剂盒，使用此类系统的方法等。
基质印迹清除

[发明专利]使用MERFISH、扩展显微术和相关技术进行多重成像-CN202310122092.X在审
发明人：庄小威;J·R·莫菲特;王桂萍 -专利权人：哈佛学院院长及董事
申请日： 2017-11-08 - 公布日： 2023-06-09 - 主分类号： G01N1/36 文献下载
摘要：本发明一般性涉及显微术和涉及用于成像或测定例如细胞内的核酸或其他所需靶标的系统和方法。在某些方面，样品包含在可膨胀材料内，可膨胀材料以某种方式膨胀和成像。材料的膨胀改善了后续图像的有效分辨率。例如，这可以与其他超分辨率技术(例如STORM)和/或与诸如MERFISH的技术组合以用于测定样品内的核酸例如mRNA，例如通过将核酸探针结合到样品上。其他方面一般性涉及用于此类方法的组合物或装置、用于此类方法的试剂盒等。
使用 merfish 扩展显微相关技术进行多重成像

[发明专利]使用MERFISH、扩展显微术和相关技术进行多重成像-CN201780082227.7有效
发明人：庄小威;J·R·莫菲特;王桂萍 -专利权人：哈佛学院院长及董事
申请日： 2017-11-08 - 公布日： 2023-03-03 - 主分类号： G01N1/36 文献下载
摘要：本发明一般性涉及显微术和涉及用于成像或测定例如细胞内的核酸或其他所需靶标的系统和方法。在某些方面，样品包含在可膨胀材料内，可膨胀材料以某种方式膨胀和成像。材料的膨胀改善了后续图像的有效分辨率。例如，这可以与其他超分辨率技术(例如STORM)和/或与诸如MERFISH的技术组合以用于测定样品内的核酸例如mRNA，例如通过将核酸探针结合到样品上。其他方面一般性涉及用于此类方法的组合物或装置、用于此类方法的试剂盒等。
使用 merfish 扩展显微相关技术进行多重成像

[发明专利]用于分子谱分析的多焦点成像的方法-CN202080080598.3在审
发明人： J·R·莫菲特;H·P·巴布科克 -专利权人：哈佛学院院长及董事;儿童医学中心公司
申请日： 2020-11-19 - 公布日： 2022-07-08 - 主分类号： G01N21/64 文献下载
摘要：本公开一般而言涉及用于多焦点成像用于确定细胞或其它样品中的核酸的系统和方法。样品暴露于多个核酸探头。对于每个核酸探头，使用聚焦在样品内的不同焦平面上的至少2个检测器捕获样品的图像。例如，通过使用多个相机，对同一样品成像，但其中至少一些聚焦在样品内的不同焦平面上，可以同时确定多个焦平面。因此，样品可以在3个维度上成像，例如，而无需样品重新聚焦。在某些情况下，这可以提高成像在空间和/或时间上的分辨率。各种实施例可以用于增加基于图像的方法中的成像吞吐量和/或分辨率，例如，用于单细胞分子谱分析，诸如多路复用的误差稳健荧光原位杂交(MERFISH)，或用于其它应用。使用捕获的图像确定样品内的核酸探头的结合、丰度和/或空间分布。
用于分子谱分析焦点成像方法

[发明专利]用于MERFISH和其他应用的扩增方法和系统-CN201980090386.0在审
发明人：庄小威;夏程龙;J·R·莫菲特 -专利权人：哈佛学院院长及董事
申请日： 2019-12-12 - 公布日： 2021-09-07 - 主分类号： C12Q1/6813 文献下载
摘要：本发明一般涉及用于对细胞或其他样品中的核酸进行成像或测定的系统和方法。在一些情况下，可以测定细胞的转录组。某些实施方案一般涉及以相对高的分辨率测定样品中的核酸和其他靶标。例如，可以将核酸探针应用于样品，并且可以使用初级和次级扩增器核酸来扩增核酸探针与靶标的结合。在一些情况下，存在最大数量的可以与靶标结合的扩增器核酸，例如，结合是可饱和的，并且即使在存在充足试剂的情况下也不能无限增长。这可能有利于例如控制每个结合事件的亮度，控制扩增区域的尺寸(例如，在成像期间)，和/或限制扩增噪声的程度(即分子间的扩增信号的最终变化)等。此外，在一些实施方案中，初级和/或次级扩增器核酸可以由4种天然存在的核苷酸中的仅3种形成，这可以导致更少的次级结构、更快的结合速率等。在一些情况下，这些特性可以促进多个正交扩增序列的快速设计，从而允许将这样的方法扩展到许多不同的分子靶标。
用于 merfish 其他应用扩增方法系统

[发明专利]用于测定核酸的系统和方法-CN202010422932.0在审
发明人：庄小威;庄国豪;A·伯蒂格;J·R·莫菲特;王思远 -专利权人：哈佛学院院长及董事
申请日： 2015-07-29 - 公布日： 2020-12-04 - 主分类号： C12Q1/6816 文献下载
摘要：本发明总体上涉及用于成像或测定例如细胞内的核酸的系统和方法。在一些实施方案中，可测定细胞的转录组。某些实施方案涉及以相对高的分辨率测定细胞内的核酸，诸如mRNA。在一些实施方案中，可将多个核酸探针应用于样品，并例如使用荧光测定它们在样品内的结合，以测定核酸探针在样品内的位置。在一些实施方案中，代码字可基于多个核酸探针的结合，并且在一些情况下，所述代码字可定义误差校正码以减少或防止核酸的误鉴定。在某些情况下，可使用相对少量的标记，例如通过使用各种组合方法来鉴定相对大量的不同靶标。
用于测定核酸系统方法

[发明专利]用于测定核酸的系统和方法-CN201580052678.7有效
发明人：庄小威;庄国豪;A·伯蒂格;J·R·莫菲特;王思远 -专利权人：哈佛学院院长及董事
申请日： 2015-07-29 - 公布日： 2020-06-16 - 主分类号： C40B30/04 文献下载
摘要：本发明总体上涉及用于成像或测定例如细胞内的核酸的系统和方法。在一些实施方案中，可测定细胞的转录组。某些实施方案涉及以相对高的分辨率测定细胞内的核酸，诸如mRNA。在一些实施方案中，可将多个核酸探针应用于样品，并例如使用荧光测定它们在样品内的结合，以测定核酸探针在样品内的位置。在一些实施方案中，代码字可基于多个核酸探针的结合，并且在一些情况下，所述代码字可定义误差校正码以减少或防止核酸的误鉴定。在某些情况下，可使用相对少量的标记，例如通过使用各种组合方法来鉴定相对大量的不同靶标。
用于测定核酸系统方法

[发明专利]基质印迹和清除-CN201780082228.1在审
发明人：庄小威;J·R·莫菲特;J·G·郝;陆天 -专利权人：哈佛学院院长及董事
申请日： 2017-11-08 - 公布日： 2019-08-16 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：本发明一般性涉及用于成像或测定例如细胞或组织内的核酸或其他所需靶标的系统和方法。在一个方面，将样品暴露于在样品中测定的多个核酸探针。但是，在一些情况下，背景荧光或脱靶结合可能使测定适当结合的核酸探针更加困难。因此，可以从样品中“清除”可能造成背景的样品的其他组分例如蛋白质、脂质和/或其他非靶标，以改善测定。然而，在某些实施方案中，可以例如使用样品中的聚合物或凝胶防止核酸或其他所需靶标也被清除。其他方面通常涉及包括此类系统的组合物或试剂盒，使用此类系统的方法等。
靶标核酸探针核酸背景荧光样品暴露聚合物试剂盒基质凝胶印迹脂质成像蛋白质细胞

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