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[发明专利]用于碱基检出的基于区块位置和/或循环的权重集选择-CN202280005111.4在审
发明人： G·D·帕纳比;M·D·哈姆;A·C·杜普瑞兹;D·卡什夫哈吉吉;K·贾加纳坦 -专利权人：因美纳有限公司;因美纳软件有限公司
申请日： 2022-03-15 - 公布日： 2023-03-14 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于碱基检出的系统，该系统包括存储器，该存储器存储神经网络的拓扑结构、多个权重集和用于一系列感测循环的传感器数据。测序事件跨越该碱基检出操作经过感测循环子系列的时间进展和该碱基检出操作经过生物传感器上的位置的空间进展。可配置处理器被配置为：在可配置处理器上加载拓扑结构，根据感测循环的受试者子系列和/或生物传感器上的受试者位置来选择权重集，在处理元件上加载用于感测循环的受试者子系列和受试者位置的受试者传感器数据，使用所选择的权重集来配置拓扑结构，以及使神经网络处理受试者传感器数据以产生用于受试者子系列和受试者位置的碱基检出分类数据。
用于碱基检出基于区块位置循环权重选择

[发明专利]用于每簇强度校正和碱基检出的系统和方法-CN202180043728.0在审
发明人： E·J·奥贾德;A·A·H·卡格瓦拉;R·美雄;N·伍德帕;G·D·帕纳比;J·S·维切利 -专利权人：因美纳有限公司
申请日： 2021-10-26 - 公布日： 2023-03-14 - 主分类号： G16B40/10 文献下载
摘要：本发明所公开的技术在逐簇基础上生成变化校正系数，以校正簇间强度分布变化，从而改进碱基检出。放大系数校正缩放变化。通道特异性偏移系数校正沿着相应强度通道的移位变化。基于将在测序运行的先前测序循环处针对目标簇生成的历史强度数据的分析与在该测序运行的当前测序循环处针对该目标簇生成的当前强度数据的分析相结合，生成针对该目标簇的该变化校正系数。然后，使用该变化校正系数来校正在该测序运行的下一个测序循环处针对该目标簇生成的下一个强度数据。然后，该经过校正的下一个强度数据用于在该下一个测序循环处碱基检出该目标簇。
用于强度校正碱基检出系统方法

[发明专利]基于人工智能预测的碱基判读来检测和过滤簇-CN202180043746.9在审
发明人： D·卡什夫哈吉吉;G·D·帕纳比 -专利权人：因美纳有限公司
申请日： 2021-08-26 - 公布日： 2023-03-07 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：所公开的技术涉及识别不可靠的簇以提高碱基判读的准确性和效率。所公开的技术包括访问用于多个簇和用于测序运行的测序循环的第一子集的每循环簇数据，并对测序循环的第一子集中的每个测序循环处的多个簇中的每个簇进行碱基判读，包括针对每个簇和针对每个测序循环生成每循环概率四元组。所公开的技术包括基于由每个每簇、每循环概率四元组识别的概率确定其滤波值，将多个簇中其滤波值的序列包含至少“N”个滤波值低于阈值“M”的那些簇识别为不可靠的簇，并且在测序运行的测序循环的剩余部分处绕过对不可靠的簇进行碱基判读。
基于人工智能预测碱基判读检测过滤

[发明专利]用于碱基检出的神经网络参数量化-CN202280005057.3在审
发明人： G·D·帕纳比 -专利权人：因美纳软件有限公司
申请日： 2022-03-15 - 公布日： 2023-02-03 - 主分类号： G06N3/044 文献下载
摘要：一种量化神经网络的参数的方法，该方法包括将神经网络的多个参数分组到多个组中。该多个组中的每个组包括多个参数中对应的两个或更多个参数。在一个示例中，针对每个组，从多个可用量化格式中选择对应的量化格式，使得针对至少第一组选择的第一量化格式不同于针对至少第二组选择的第二量化格式。针对每个组，使用针对对应组选择的量化格式来量化该对应组内的各个参数。该多个组的这些量化参数存储在存储器中。
用于碱基检出神经网络参数量化

[发明专利]基于均衡的图像处理和空间串扰衰减器-CN202180029821.6在审
发明人： E·J·奥贾德;R·美雄;G·D·帕纳比;N·伍德帕;J·S·维切利 -专利权人：因美纳有限公司
申请日： 2021-05-05 - 公布日： 2022-12-09 - 主分类号： G06T5/00 文献下载
摘要：本发明所公开的技术衰减来自用于碱基检出的测序图像的空间串扰。具体地讲，本发明所公开的技术访问其像素描绘来自目标簇的强度发射和来自附加相邻簇的强度发射的图像。这些像素包括中心像素，该中心像素包含目标簇的中心。这些像素中的每个像素能够被划分成多个子像素。根据特定子像素，在包含目标簇中心的中心像素的多个子像素中，本发明所公开的技术从子像素查找表库中选择对应于该特定子像素的子像素查找表。所选择的子像素查找表包含被配置为将信噪比最大化的像素系数。本发明所公开的技术将这些像素系数与像素逐元素相乘，并且确定加权和。
基于均衡图像处理空间衰减器

[发明专利]用于基于人工智能的碱基检出器的拆分架构-CN202180015544.3在审
发明人： A·杜塔;G·韦瑟尔;D·卡什夫哈吉吉;G·D·帕纳比;K·贾加纳坦;A·起亚 -专利权人：因美纳有限公司
申请日： 2021-02-19 - 公布日： 2022-12-06 - 主分类号： G16B40/20 文献下载
摘要：本发明所公开的技术涉及包括空间卷积网络和总线网络的系统。该空间卷积网络被配置为通过相应的空间处理流水线分别处理相应的每循环测序图像集来逐个循环地处理每循环测序图像集的窗口，以针对相应的测序循环生成相应的每循环空间特征图集。该总线网络被配置为在该相应的空间处理流水线内的空间卷积层之间形成总线。该总线被配置为使由空间卷积层的特定序列中的两个或更多个空间卷积层针对特定测序循环生成的相应的每循环空间特征图集组合成组合的每循环空间特征图集，并且将该组合的每循环空间特征图集作为输入提供给空间卷积层的特定序列中的另一个空间卷积层。
用于基于人工智能碱基检出拆分架构

[发明专利]用于基于人工智能的碱基检出器的总线网络-CN202180015983.4在审
发明人： A·杜塔;G·韦瑟尔;D·卡什夫哈吉吉;G·D·帕纳比;K·贾加纳坦;A·起亚 -专利权人：因美纳有限公司
申请日： 2021-02-19 - 公布日： 2022-11-25 - 主分类号： G16B40/20 文献下载
摘要：本发明所公开的技术涉及包括空间卷积网络和时间卷积网络的系统。该空间卷积网络被配置为处理每循环测序图像集的窗口并生成相应的每循环空间特征图集。空间卷积滤波器组的相应的序列的空间卷积滤波器组中的空间卷积滤波器的经训练系数在空间卷积层的相应的序列中的空间卷积层的序列之间变化。该时间卷积网络被配置为按组处理该每循环空间特征图集并生成相应的每组时间特征图集。相应的时间卷积滤波器组中的时间卷积滤波器的经训练系数在相应的时间卷积滤波器组中的时间卷积滤波器组之间变化。
用于基于人工智能碱基检出总线网络

[发明专利]用于基于人工智能的碱基检出的数据压缩-CN202180015512.3在审
发明人： G·韦瑟尔;G·D·帕纳比;A·杜塔;D·卡什夫哈吉吉;K·贾加纳坦;A·起亚 -专利权人：因美纳有限公司
申请日： 2021-02-19 - 公布日： 2022-11-01 - 主分类号： G16B40/20 文献下载
摘要：本发明所公开的技术涉及基于人工智能的碱基检出方法。具体地，本发明所公开的技术涉及通过基于神经网络的碱基检出器的空间网络处理用于测序运行的测序循环的第一窗口的每循环分析物通道集的第一窗口，并且针对测序循环的该第一窗口中的相应的测序循环生成空间输出集的相应的序列；通过基于神经网络的碱基检出器的压缩网络处理空间输出集的该相应的序列中的相应的最终的空间输出集，并且针对测序循环的该第一窗口中的该相应的测序循环生成相应的压缩的空间输出集；并且基于该相应的压缩的空间输出集，针对测序循环的该第一窗口中的一个或多个测序循环生成碱基检出预测。
用于基于人工智能碱基检出数据压缩

[发明专利]基于人工智能的碱基检出器的硬件执行和加速-CN202180015454.4在审
发明人： G·D·帕纳比;M·D·哈姆;A·C·杜普瑞兹;J·E·考斯基;J·S·维切利;A·D·海伯格;G·韦瑟尔 -专利权人：因美纳有限公司
申请日： 2021-02-17 - 公布日： 2022-09-30 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：一种用于分析碱基检出传感器输出的系统具有可由运行时程序访问的存储器，该存储器储存区块数据，该区块数据包括来自碱基检出操作的感测循环的区块的传感器数据。能够访问存储器的神经网络处理器被配置为使用经训练参数来执行神经网络的运行，以产生感测循环的分类数据。神经网络的运行对来自包括受试者循环的N个感测循环中的相应感测循环的区块数据的N个阵列的序列进行操作，以产生受试者循环的分类数据。数据流逻辑使用输入单元将区块数据和这些经训练参数从存储器移动到神经网络处理器以用于神经网络的运行，输入单元包括来自N个感测循环中的相应感测循环的N个阵列的空间对准补片的数据。
基于人工智能碱基检出硬件执行加速

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