本发明涉及植物基因工程技术领域。具体涉及一种调控水稻开花期和每穗颖花数的产量基因OsAFB6及应用。该基因的核苷酸序列，蛋白质序列及启动子序列分别如SEQ ID NO：1，2，和3所示。通过突变体中分离侧翼序列，找到载体插入位点位于第三染色体上臂的特定位置，附近含有一个生长素受体基因OsAFB6，定位候选基因；发现OsAFB6基因被超表达；利用529份水稻核心种质做SNP和关联分析，该基因启动子中有4个SNP与开花期和产量显著相关，4个SNP都是同时变化，且变化后开花期提前。利用超表达和RNAi干扰载体转化水稻品种，超表达转基因植株的开花期延迟，枝梗数增多，产量提高，全部达显著水平。
本发明属于植物基因工程技术领域。具体涉及LR2基因调控水稻茎厚、抗折力及其在抗倒伏中的应用。分离了影响水稻抗倒伏基因LR2及其等位基因，LR2基因的序列如SEQ ID NO：1所示，LR2等位基因的序列如SEQ ID NO：3所示。在水稻野生型品种“93‑11”和“93‑11”突变体M18中，对LR2相应的基因组比较测序，发现两份材料间存在1个碱基差异，位于编码区第四个外显子上，发生了由C到T的碱基置换，导致1个氨基酸变化。利用转基因获得了LR2基因敲除的水稻植株，转基因植株表现出比对照茎秆壁增厚和基部节间抗折力增大的表型，提高了抗倒伏能力。这些性状变化与“93‑11”诱变突变体M18非常吻合。
本发明属于植物基因工程领域。具体涉及GY3基因在控制水稻每穗颖花数和单株产量中的应用。该基因位于水稻第3染色体长臂末端，控制水稻每穗颖花数性状功能。该基因编码区的序列如SEQ ID NO：1所示，蛋白质序列如SEQ ID NO：2所示。该基因的等位基因其编码序列如SEQ ID NO：3所示。GY3基因启动子中反转座子插入序列如SEQ ID NO：4所示。比较测序证明，在广亲和粳稻02428和籼稻特青的启动子中存在一个3882bp的反转座子插入，导致02428表达量降低，引起02428等位基因型增产。超表达植株的每穗颖花数和产量显著下降。与NIL‑02428中GY3低表达增产作用相吻合。
本发明属于植物基因工程技术领域，具体稻穗发育基因的沉默子CNV‑18bp及在水稻产量改良中的应用。所述的沉默子命名为CNV‑18bp，其位于SGDP7基因起始密码子“ATG”上游5309bp处，它的序列如SEQ ID NO:1所示。该序列具有控制水稻每穗颖花数、粒形/粒重性状，这些性状与水稻产量性状相关。本发明还克隆得到SGDP7基因的等位基因，该等位基因可以控制水稻每穗颖花数、千粒重、粒长和产量，所述的等位基因的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示。本发明还包括对多效性基因SGDP7及其等位基因的生物学功能验证，分子标记的制备及其在水稻产量改良中的应用。
本发明属于植物基因工程技术领域。具体涉及水稻分蘖角度基因TAC3的克隆和应用。TAC3基因的序列如SEQ ID NO：1所示，cDNA序列如SEQ ID NO：2所示，编码的蛋白质序列如SEQ ID NO：3和4所示。利用GWAS定位水稻分蘖角度相关的QTL位点，结合LD分析缩小qTA3范围，结合反向遗传学手段确定候选基因TAC3。通过功能获得型突变体tac3D‑1验证TAC3基因功能，该基因在tac3D‑1中表达量显著提高，与野生型ZH11相比，分蘖期分蘖角度由10.4°显著提高到19.4°，开花期分蘖角度由8.4°显著提高到17.6°。TAC3基因在不同单倍型籼稻材料中分蘖角度存在显著差异。
