本发明公开了一种水稻耐寒基因OsRab11C1及其应用，属于基因编辑技术领域。水稻耐寒基因OsRab11C1为负调控基因，其核苷酸序列为SEQ ID NO.1所示的序列，其编码蛋白的氨基酸序列为SEQ ID NO.2所示的序列；水稻耐寒基因OsRab11C1在提高水稻耐寒性能中的应用，其应用的方法如下：S1、根据水稻耐寒基因OsRab11C1编码序列合成gRNA；S2、将S1步骤合成的gRNA构建到基因编辑载体CRISPR/cas9；S3、利用农杆菌转基因方法将S2步骤构建的载体转化到日本晴水稻，得到耐寒水稻，其中gRNA的核苷酸序列为SEQ ID NO.3所示的序列，其中农杆菌转基因方法采用的农杆菌为EHA105菌株。本发明利用基因编辑技术(CRISPR)敲除水稻耐寒基因OsRab11C1，可显著提高水稻的耐寒性能。
本发明涉及农作物分子遗传育种学领域，具体公开了水稻抗稻瘟病Pi9基因的共显性功能分子标记Pi9InDel1及其应用。所述水稻抗稻瘟病Pi9基因的共显性功能分子标记Pi9InDel1，由如SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4所示的引物扩增得到。利用Pi9InDel1标记引物，对不同遗传背景水稻亲本基因组DNA、及其与Pi9基因供体亲本的杂交后代基因组DNA进行PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳检测，鉴定不同水稻亲本及杂交后代中是否含有Pi9功能基因，以及杂交育种选育后代中的Pi9基因是否纯合，并通过分子标记辅助选择育种技术培育含Pi9基因的抗稻瘟病水稻新种质或品种。
