本发明提供了一种中华鳖微卫星标记、其引物及应用，包括6个微卫星标记，分别为sp601、sp603、sp604、sp610、sp316、mitf；其中，sp601为SEQ ID NO.1所示的DNA序列或其互补序列；sp603为SEQ ID NO.2所示的DNA序列或其互补序列；sp604为SEQ ID NO.3所示的DNA序列或其互补序列；sp610为SEQ ID NO.4所示的DNA序列或其互补序列；sp316为SEQ ID NO.5所示的DNA序列或其互补序列；mitf为SEQ ID NO.6所示的DNA序列或其互补序列。发明提供的微卫星引物具有PCR扩增结果稳定、多态性高等特点，可用这些分子标记进行遗传多样性分析、群体遗传结构分析、遗传图谱的构建、基因定位、品种鉴定等，具有很好的应用价值。
本发明提供了一种渤海三疣梭子蟹原种的微卫星标记、其引物及应用，包括微卫星标记ZL05，其序列如SEQ ID NO.1所示；微卫星标记PrMa01，其序列如SEQ ID NO.2所示；微卫星标记PrMa03，其序列如SEQ ID NO.3所示；微卫星标记PrMa04，其序列如SEQ ID NO.4所示。所述微卫星标记ZL05与三疣梭子蟹的全甲宽性状相关联；所述微卫星标记PrMa01、PrMa03、PrMa04均与三疣梭子蟹的全甲宽、背甲底宽、背甲长、螯肢掌节长、螯肢长节长、体高和体重性状相关联。本发明提供微卫星标记，其多态性高，PCR扩增稳定，可用于对渤海三疣梭子蟹原种进行标记。
本发明公开了一种用于日本沼虾生长性状分析的微卫星标记，包括微卫星标记GL01和微卫星标记GL02；所述微卫星标记GL01与额剑长性状相关联，微卫星标记GL02与尾扇长、第二步足长、第二步足长指节长性状相关联；所述微卫星标记GL01上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示、下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示；微卫星标记GL02上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示、下游引物核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示。同时本发明还公开了所述微卫星标记在日本沼虾的生长性状分析中的应用。本发明提供的微卫星标记的引物具有PCR扩增结果稳定的特点，其微卫星标记可以用于日本沼虾生长性状分析，可以辅助日本沼虾分子标记育种。
