本发明涉及一种水稻强秆抗倒基因prl4的分子标记与应用，通过对粳型超级稻“沈农265”和云南地方品种“丽江新团黑谷”的F2和RILs群体进行抗倒伏相关性状的QTL分析，鉴定了一个在不同群体类型(F2和RILs)、不同年份(2008年、2009年和2011年)、不同地点(沈阳和哈尔滨)稳定表达的主效QTL，其增效等位基因来自于云南地方品种“丽江新团黑谷”。进一步分析发现，其同时控制植株下部抗推力、茎秆抗折力、茎壁厚度、大小维管束面积和大小维管束木质部面积，命名为prl4(pushing resistance of the lower part4)。本发明同时公开了prl4的分子标记，所述分子标记与prl4不仅紧密连锁而且在植株后代与所述基因共分离，因而适于通过分子标记辅助手段选育兼顾高产和抗倒的水稻品种。
本发明涉及一种检测水稻穗结构基因IPS1的特异分子标记及其检测方法，该分子标记为IPS1‑1；该方法得具体过程为步骤a，DNA提取；步骤b，PCR扩增；PCR反应体系为15μL，含50m MKCI，10mM Tris‑HCI(pH8.8)，0.1％Triton‑X，1.5mM MgCl2，200μM each of dNTPs，0.2μM of each primer，5％(v/v)dimethyl sulfoxide and 0.5U Taq DNA聚合酶；步骤c，PCR产物检测；扩增产物中加入上样缓冲液，取8μL上述样品于1.5％的琼脂糖凝胶，在100V的恒定电压下电泳1小时，利用凝胶成像系统成像观察；步骤d，获取IPS1基因。本发明分子标记可以用于鉴定待测材料是否在IPS1座位上含有丽江新团黑谷的控制穗结构的增效等位基因；能够改善穗部结构、优化一二次枝梗穗粒数比例、提高穗实粒数、增加水稻单产水平，同时提高稻米品质。
