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[发明专利]预测小分子CYP代谢酶的代谢位点的方法及系统-CN202110420115.6有效
发明人：李远鹏;陈萍;赖力鹏;温书豪;马健 -专利权人：北京晶泰科技有限公司
申请日： 2021-04-19 - 公布日： 2023-10-20 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：一种预测小分子CYP代谢酶的代谢位点的方法及系统，包括：收集与代谢位点相关的分子结构数据，基于不同代谢酶亚型将收集的数据整理成为不同亚型的数据集；将二维分子结构转化为三维分子结构；将分子三维结构中的原子类型的矢量化；将分子三维结构中距离的矢量化；将原子类型的矢量作为图卷积神经网络中顶点信息矢量化矩阵，将距离的矢量作为图卷积神经网络中边信息矢量化矩阵，根据图卷积神经网络模型更新顶点信息，计算原子为代谢位点的概率；在不同CYP代谢酶亚型上根据为代谢位点的概率预测代谢位点；上述方法及系统，对分子与不同亚型的CYP代谢发生化学反应的代谢位点预测，该预测结果可以帮助药物化学家设计或者优化分子结构。
预测分子 cyp 代谢方法系统

[发明专利]吡唑酰胺衍生物及其制备方法和应用-CN202280011067.8在审
发明人：程辉敏;温晓明;张佩宇;刘志强;罗岚;赖力鹏;马健;温书豪 -专利权人：深圳众格生物科技有限公司
申请日： 2022-01-27 - 公布日： 2023-09-22 - 主分类号： A61K31/415 文献下载
摘要：一种具有化学式(I)的化合物及其制备方法和应用，包括所述化合物作为活性成分的药物组合物或其药学上可接受的盐，进一步涉及式(I)化合物在用于治疗和预防EP4介导的疾病的用途。#imgabs0#
吡唑衍生物及其制备方法应用

[发明专利]杂环酰胺衍生物及其制备方法和应用-CN202280012166.8在审
发明人：程辉敏;温晓明;张佩宇;刘志强;罗岚;赖力鹏;马健;温书豪 -专利权人：深圳众格生物科技有限公司
申请日： 2022-01-27 - 公布日： 2023-09-19 - 主分类号： C07D495/04 文献下载
摘要：本发明涉及一种杂环酰胺衍生物及其制备方法和应用。具体地，涉及一种式I化合物及其制备方法和应用，包括所述化合物作为活性成分的药物组合物或其药学上可接受的盐。本发明进一步涉及式(I)化合物在用于治疗和预防EP4介导的疾病的用途。#imgabs0#
杂环酰胺衍生物及其制备方法应用

[发明专利]通过Ewald sum的计算水/苯液相界面张力的Monte Carlo分子模拟方法-CN201910988374.1有效
发明人：薛白;马健;赖力鹏;温书豪;张佩宇 -专利权人：深圳晶泰科技有限公司
申请日： 2019-10-17 - 公布日： 2023-09-01 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明提供一种通过Ewald sum的Monte Carlo分子模拟计算苯与水液相界面张力的方法，包括如下几个步骤：步骤A:初始化构象：准备两个模拟盒子，大小均为(30×30×45)–(35×35×55)。将1200‑2000个水放在第一个盒子的格点上，230‑380个苯分子放在第二个盒子的格点上；步骤B:挑选模拟所用力场：苯分子采用TraPPE力场，水分子使用TIP4P/2005力场；步骤C:在正则系综下对两个盒子分别进行Monte Carlo模拟；步骤D:将水盒子与苯盒子沿着z方向拼接在一起，形成一个（30×30×90Å）‑（35×5×110Å）的大盒子，并Monte Carlo cycle 50000‑80000次，以使体系重新达到平衡；步骤E:体系达到平衡后，进入数据收集阶段。本发明除了提供分子模拟常用的流程外，改进了Ewald sum部分的计算方式，使用本发明的Ewald sum计算方法后，总体模拟效率可以提升约20%。
通过 ewald sum 计算苯液相界面张力 monte carlo 分子模拟方法

[发明专利]一种小蛋白骨架设计方法及其应用-CN202011382858.0有效
发明人：王天元;吴炜坤;赖力鹏;温书豪;马健 -专利权人：北京晶泰科技有限公司
申请日： 2020-12-01 - 公布日： 2023-09-01 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明提供一种小蛋白骨架的设计方法及其应用，包括以下步骤，S1：创建专用的结构片段数据库；S2:生成小蛋白骨架数据库；S3:对小蛋白骨架进行氨基酸序列优化和设计；S4:采用与稳定性相关的指标对结构进行评价和过滤，不满足标准的结构将被移除过滤，最终形成计算预测上能够稳定折叠的小蛋白。本方法与现有方法最大的不同在于，文献报道设计的拓扑结构为HLHLHLHLH，而本发明设计的是更小的拓扑结构为HLHLH的蛋白，并且本发明根据HLHLH拓扑结构的专门定义了更加严格的过滤标准，改进了SEWING的采样方法，因此设计出来的蛋白稳定性和序列可设计性应当更高，并且计算过程中优质骨架生成的效率更高。
一种蛋白骨架设计方法及其应用

[发明专利]一种药物研发过程中的数据管理系统及其使用方法-CN201911326217.0有效
发明人：陈勇攀;袁久闯;刘阳;马健;赖力鹏;温书豪 -专利权人：深圳晶泰科技有限公司
申请日： 2019-12-20 - 公布日： 2023-09-01 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：本申请涉及一种药物研发过程中的数据管理系统及其使用方法，包括：用户模块、研发管线管理模块、虚拟筛选模块、AI模型管理模块、可视化模块和分析模块，所述研发管线管理模块将每条研发管线的数据隔离；所述虚拟筛选模块集成有预设虚拟筛选方法和构象生成器；所述AI模型管理模块内集成有AI药物分子生成模型，并提供有AI模型的训练和使用功能；所述可视化模块将每一个分子的数据集合以圆形进行表示；所述分析模块用于分析和记录虚拟筛选模块的筛选结果。本发明能够通过各类模型方法批量筛选近百万量级的分子，在分子数量级大大提高的情况下依然能够保证研发效率。
一种药物研发过程中的数据管理系统及其使用方法

[发明专利]一种功能肽推荐方法、装置和计算设备-CN202110080336.3有效
发明人：王天元;翟珂;陈壮志;赖力鹏;温书豪;马健 -专利权人：北京晶泰科技有限公司
申请日： 2021-01-21 - 公布日： 2023-07-14 - 主分类号： G16H20/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种功能肽推荐方法，适于在计算设备中执行。该方法包括：根据预先训练的功能肽生成模型生成多个候选肽段；采用预先训练的功能肽预测模型对所述多个候选肽段进行处理，得到各候选肽段的性能分数；以及根据各候选肽段的性能分数确定至少一个目标肽段进行推荐。本发明还一并公开了对应的功能肽推荐装置和适于执行该方法的计算设备。
一种功能推荐方法装置计算设备

[发明专利]一种分子数据处理方法、模型构建与预测方法及相关装置-CN202111488881.2有效
发明人：徐鑫;李远鹏;张博文;王纵虎;赖力鹏;温书豪;马健 -专利权人：北京晶泰科技有限公司
申请日： 2021-12-08 - 公布日： 2023-07-07 - 主分类号： G16C20/30 文献下载
摘要：本申请提供了一种分子数据处理方法、模型构建与预测方法及相关装置。该分子数据处理方法包括获取初始分子数据集，所述初始分子数据集包括多个初始分子以及每一所述初始分子对应的溶解度值；对所述初始分子数据集进行预处理，得到候选分子数据集；对所述候选分子数据集中的候选分子进行矢量化处理，得到每一所述候选分子的特征数据；利用所述候选分子数据集和所述特征数据构建训练数据集。本申请技术方案能够提高数据质量，对后续分子水溶性预测模型的构建提供保障，进而可提高分子水溶性预测的准确度。
一种分子数据处理方法模型构建预测相关装置

[发明专利]分子杂交方法及平台-CN202110082194.4有效
发明人：马松龄;马文志;赖力鹏;温书豪;马健 -专利权人：北京晶泰科技有限公司
申请日： 2021-01-21 - 公布日： 2023-07-07 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：一种分子杂交方法及平台包括：接收标注好区域的参照分子，进行侧链切割，切割后保留侧链原始的三维坐标，输出侧链，将不同参照分子切割下来的功能类似的侧链合并在一起，同时将母核合并保存；对侧链进行扩增；对每批同样位点切下来的侧链片段，提取侧链的共同药效团，构建药效团模型，对于药效团数量大于或等于设定数量的则判断为有效药效团模型；对扩增的片段结构进行属性过滤，对有效药效团模型再进行药效团过滤；将过滤后的片段与保存的母核结构，按照对应的切割点进行拼接，产生候选分子库；上述分子杂交方法及平台，生成大量结构新颖，多样性强的侧链片段，再与母核进行拼接，设计产生大量结构新颖的药物分子，增强药物设计扩展性及多样性。
分子杂交方法平台

[发明专利]一种分子序列的生成方法、装置和计算设备-CN202010124314.8有效
发明人：范方达;李远鹏;赖力鹏;温书豪;马健 -专利权人：北京晶泰科技有限公司
申请日： 2020-02-27 - 公布日： 2023-07-07 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：本发明公开了一种分子序列的生成方法，在计算设备中执行，包括：构建用于生成局部序列的搜索树，初始的局部序列为位于根节点上的空字符；从当前局部序列延伸多个分支，采用当前分子生成模型在每个分支上生成一个完整分子，并计算每个分子得分；选取得分最高的分子序列，若该分子得分大于当前目标得分，则将该分子作为新目标分子，将该分子得分作为新目标得分；确定当前局部序列在新目标分子中的下一字符，以添加该下一字符，以得到新局部序列；将新局部序列设置为当前局部序列，并循环执行上述各步骤，直至没有新目标分子生成、且搜索树的局部序列与最终的目标分子相同为止。本发明还一并公开了对应的分子序列的生成装置和计算设备。
一种分子序列生成方法装置计算设备

[发明专利]分子对接云计算流程控制方法-CN201910129789.3有效
发明人：方磊;徐旻;张佩宇;刘阳;马健;赖力鹏;温书豪 -专利权人：深圳晶泰科技有限公司
申请日： 2019-02-21 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G06F9/48 文献下载
摘要：本发明属于高通量的分子对接及虚拟筛选计算领域，具体涉及一种分子对接云计算流程控制方法，（1）将原始的数据库导入到MongoDB数据库中，然后调用yoda库函数处理得到分子对接的输入结构文件；（2）调用yoda库函数自动生成对应的分子对接输入参数文件；（3）调用mixc库函数，将任务提交到Majorana任务调度平台；将任务提交到指定的云计算平台上；（4）给每个结构对应的任务添加了一个监控任务，当任务都执行完成，调用数据分析程序，自动分析分子对接结果；（5）从MongoDB数据库获取相应的分析结果作出相应的曲线。本发明实现了大批量、高并行的分子对接及虚拟筛选等计算任务的跨平台调度、连续计算、存储、监控、结果分析和图形化等。
分子对接计算流程控制方法

[发明专利]一种潜在活性分子的预测方法、装置和计算设备-CN202010124320.3有效
发明人：杜杰文;赖力鹏;温书豪;马健 -专利权人：北京晶泰科技有限公司
申请日： 2020-02-27 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16C20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种潜在活性分子的预测方法，在计算设备中执行，包括步骤：收集多个具有生物活性的小分子化合物的结构数据；对小分子化合物进行两两对比，识别每两个小分子化学物的公共子结构和剩余的可变子结构，其中该两个可变子结构构成一对等排体对；对所有生成的等排体对进行去重后得到每个基团的等排体集合；接收用户输入的待优化分子，识别该分子的母核结构和除该母核结构之外的待替换基团；获取待替换基团的等排体集合，并采用该集合中的每个等排体替换所述待替换基团，得到多个候选分子；以及计算每个候选分子的类药性，并从中选出类药性高的一个或多个候选分子推荐给用户。本发明还一并公开了对应的潜在活性分子的预测装置和计算设备。
一种潜在活性分子预测方法装置计算设备

[发明专利]一种粉末X射线衍射图谱的衍射峰定标方法-CN202010245672.4有效
发明人：阳卓岑;马健;温书豪;赖力鹏 -专利权人：深圳晶泰科技有限公司
申请日： 2020-03-31 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G01N23/2055 文献下载
摘要：本发明提供一种粉末X射线衍射图谱的衍射峰定标方法，包括以下步骤：（1）对原始衍射数据进行插值平滑处理；（2）选定数据处理窗口，寻峰算法将对窗口范围内的数据进行寻峰计算；（3）对划定的数据处理窗口内的数据计算参数，识别并记录出该窗口内可能的衍射峰位置；（4）对选出的衍射峰位置进行过滤；（5）将选定的数据处理窗口进行移动，选定新的数据处理窗口位置，重复（3）—（4）步骤，识别并记录新得到的衍射峰位置；（6）将所有获取到的衍射峰位置进行聚类，距离过近的衍射峰位置合并为同一衍射峰。本发明能够对各种情况的衍射峰保持较高的识别率，过滤错误的衍射峰，显著减少标定缺失/寻峰错误的情况。
一种粉末射线衍射图谱定标方法

[发明专利]小分子激酶抑制剂筛选分子库构建方法及系统-CN202110315008.7有效
发明人：马松龄;马文志;赖力鹏;温书豪;马健 -专利权人：北京晶泰科技有限公司
申请日： 2021-03-24 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16C20/50 文献下载
摘要：一种小分子激酶抑制剂筛选分子库构建方法及系统包括：将分子与单环或双环的骨架进行匹配，匹配后将对应部分作为母核，切开与该母核相连的碳‑杂原子非环单键，对切割后片段进行分拣，分为母核与侧链，根据设定条件筛选侧链，将符合条件的侧链加入侧链库；根据参照分子侧链设置过滤条件进行过滤，从侧链库中取出符合条件的侧链，进行分子生成，将生成侧链拼接到参照分子母核上，建立待筛分子库；上述小分子激酶抑制剂筛选分子库构建方法及系统通过侧链与母核的拆分、分拣、生成、拼接为小分子激酶抑制剂的筛选提供优质的分子来源，通过分子生成对侧链或母核进行扩增，设置过滤条件进行过滤，得到多样性更强的针对特定靶点的定向分子库。
分子激酶抑制剂筛选构建方法系统

[发明专利]连续激发结晶的方法及系统-CN202011566534.2有效
发明人：师雪坤;温书豪;马健;赖力鹏 -专利权人：深圳晶泰科技有限公司
申请日： 2020-12-25 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G01N21/63 文献下载
摘要：一种连续激发结晶的方法及系统包括控制激光发生器发射激光，并折射并聚焦在试管指定位置；将同时刻采集的多个图像帧的气泡两个方向的半径进行平均，获取该时刻气泡平均半径；计算从气泡产生到消失每一帧图像的平均半径，获取时间对应气泡平均半径的数组，拟合获得气泡平均半径与时间的函数r=f(t)；控制多个激光发生器间隔或间隔循环发射，进行连续激发，连续激发为当时刻tx满足f(tx‑tx‑1)=R时，控制激光发生器发射，R小于气泡扩散的最大半径、大于系统间隔激发时长乘以气泡扩散速度；上述方法及系统利用进行高速视觉捕捉，拟合后反馈控制多个激光器依次连续激发，在溶液局部形成逐次增高的过饱和梯度，有助于发现新晶型。
连续激发结晶方法系统

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